Организацию деятельности МПА осуществляет Совет Ассамблеи, состоящий из руководителей парламентских делегаций государств-участников. В целях установления своих внутренних процедур Совет Ассамблеи помимо ее общего Регламента может принимать собственный регламент. Совет Ассамблеи избирает Председателя Совета. Председатель Совета Ассамблеи избирается тайным голосованием из числа членов Совета сроком на один год. Он может переизбираться на новый срок. Однако занимать эту должность можно не более трех сроков подряд. Избранным считается кандидат, в поддержку которого проголосовало большинство присутствующих и принявших участие в голосовании членов Совета.
Межпарламентская Ассамблея вправе учреждать постоянные и временные комиссии, состоящие из представителей парламентских делегаций, иные вспомогательные органы, которые окажутся необходимыми для успешного выполнения возложенных на нее функций. Среди них комиссии:
• по правовым вопросам;
• по экономике и финансам;
• по социальной политике и правам человека;
• по аграрной политике;
• природным ресурсам и экологии;
• по политическим вопросам и международному сотрудничеству;
• по вопросам обороны и безопасности;
• по науке и образованию;
• по культуре, информации, туризму и спорту;
• по изучению опыта государственного строительства и местного самоуправления;
• контрольно-бюджетная.
Каждую из них возглавляет на основе ротации член парламента того или иного государства. В комиссиях ведется работа по созданию модельного законодательства и подготовке других документов к рассмотрению на заседаниях Ассамблеи, организации предварительного обсуждения этих документов на международных конференциях, семинарах, симпозиумах.
Постоянно действующим собственно административным органом Совета Ассамблеи является Секретариат, который оказывает Межпарламентской Ассамблее, Совету Ассамблеи, ее органам необходимую помощь. Так, он подготавливает, переводит, печатает и рассылает официальные документы, издания и материалы Ассамблеи, обеспечивает работу архива МПА, отвечая при этом за сохранность хранящихся в нем документов. Секретариат получает и обобщает информацию о мерах, принятых Парламентами государств-участников СНГ в целях осуществления принятых Межпарламентской Ассамблеей решений и иные обеспечительные функции. В Секретариате Совета МПА также создан единый фонд национальных законодательств государств-членов Ассамблеи, принятых национальными парламентами.
Секретариат состоит из Генерального секретаря, его заместителей, полномочных представителей парламентов государств СНГ и необходимого