Mehhanism, mille abil keiser ülendas oma riigi krahve hertsogiteks, näib rajanevat puhtalt juhusel. Kõik sõltus vasalli mõjuvõimust, prestiižist ja heast õnnest. Siiski on kogu loos erilisel kohal üks uus hertsogkond, mis on tihedasti seotud Zähringeni ülikusuguvõsaga. Tänapäeval on kõrgel künkal paiknev Zähringeni loss, kust avaneb hea vaade Freiburgi linnale, küll varemeis, aga 11. ja 12. sajandil elas seal ambitsioonikate krahvide suguvõsa, kes oli juba kaks korda võitnud kätte, aga ka kaotanud hertsogkonna staatuse, ning oli nüüd kolmandal katsel. Zähringerid olid näidanud end oma valduste tõhusate juhtidena, nad olid hästi ära kasutanud oma seaduslikke õigusi kiriku maadele Schwarzwaldis ja pärast Freiburgi omavalitsuse moodustamist võtsid nad esimestena kasutusele ühendatud omavalitsuse süsteemi. Nad tegid vähendatud kujul seda, mida keiser tahtis ellu viia suuremas ulatuses. Liialt palju Burgundia ülikuid oli unustanud oma truudusvande lääniisandale. Seetõttu määras keiser 1127. aastal Konrad von Zähringeni Burgundia halduriks (rector), andes talle edaspidi tasuks maid äsja moodustatud Väike-Burgundia (Burgundia Minor) hertsogkonnast. Zähringenidest haldurid asusid tõhusalt korda taastama.225
Väike-Burgundia hertsogkond (Burgundia Minor), mida saksa keeles nimetatakse Klein Burgundiks, hõlmas suure ala Juura mägedest ida pool, mis langeb üsna täpselt kokku tänapäevase Šveitsi prantsuskeelse osaga. Bryce’i nimistus kannab see numbrit VI. Samas hertsogkonnas oli väiksem üksus, nimelt Landgrafschaft ehk maakrahvkond, mis samuti kandis nime Burgundia ja on Bryce’i loetelus number VIII all. See valdus võttis enda alla ala mõlemal pool Aare jõge Thuni ja Solothurni vahel. Võimalik, et see ei ulatunud nii kaugele kui Habichtsburgi või Habsburgi loss (tõlkes Haukaloss), mis seisab Aare ääres Solothurnist mõnevõrra allavoolu ja on Kesk-Euroopa kõige mõjuvõimsama dünastia algne kodupaik. Habsburgide pärimuse kohaselt oli suguvõsa rajaja nimi Guntram.226
Zähringeride kui haldurite ja hertsogite alluvuses oli suur hulk ülikuid, krahve ja piiskoppe ning arvukalt lojaalseid linnu keset isepäiseid maapiirkondi. Zähringerid ilmutasid suurt energiat, rajades ühendatud linnade võrgustiku, kuhu kuulusid Fribourg, Burgdorf, Murten (Morat), Rheinfelden ja Thun. Zähringeride tegusaim esindaja krahv Berthold V (u 1180–1218) rajas Thuni lossi ja asutas – väidetavalt pärast seda, kui oli tapnud karu – Berni linna. Kui ta aga pärijateta suri, oli lõpp ka hertsogkonnal. Seda katset enam ei korratud.227
Juba 12. sajandi keskel andis Friedrich Barbarossa enesele väga hästi aru vajadusest tugevdada igati keisrivõimu. Friedrich krooniti 1152. aastal Aachenis Saksamaa kuningaks, 1154. aastal Pavias Itaalia kuningaks, 1155. aastal Saksa-Rooma keisririigi keisriks ja pärast märkimisväärset viivitust 1173. aastal Arles’is Burgundia kuningaks. Igale nimetatud sammule eelnes aastaid poliitilist võitlust ja sõjakäike. Kogu aeg tegi ta tihedat koostööd paavstivõimuga, andes uue elu ka nn kahe mõõga doktriinile, mille kohaselt keiser ja paavst on jumala volinikud, kes esindavad vastavalt ilmalikku ja kiriklikku võimu. Barbarossa sügavam huvi Burgundia vastu tekkis pärast abiellumist oma teise naise Beatrice’iga, kes oli pfaltskrahvi pärijanna. Tänu sellele liidule võttis ta krahvkonna oma otsese juhtimise alla, sekkus kuningriigi sisetülidesse, aga ei saavutanud vähemalt siin midagi eriti tähtsat. Barbarossa suri teel Teise ristisõtta, nägemata Püha Maad.228
Pikka aega kestnud keisrite ja paavstide vastuolusid tagant õhutanud investituuritüli nõrgestas paratamatult mõlemaid keskaja mõjuvõimsaimaid pooli. Tüli sai alguse 10. sajandil, kui Ottooni keisrid püüdsid saavutada kontrolli paavsti valimise üle, ja see vältas kord vaibudes, kord ägenedes 13. sajandini. Üldjoontes oli selle keskmes lõppematu vaidlus selle üle, kas ülem on paavsti või keisri võim, ja iseäranis selle üle, kellel on õigus määrata kohale teisi ametimehi. Tülile andis lisamõõtme äge kodusõda Saksamaal, mis teoreetiliselt lõppes 1122. aastal Wormsi konkordaadiga. Tegelikult jätkus tüli igal pool, mitte ainult Inglismaal kuningas Johni ajal. Võib-olla on ajaloolased, kes ei pööranud tähelepanu teistele pingeallikatele,229 selle tähtsust mõnevõrra liialdanud, aga kõikjal Euroopas aitas see kujuneda ummikseisul, kus ei keiser ega paavst olnud nõus arvestama teise poole nõudmisi, ja see ainult kiirendas võimu killustumist.
Investituuritüli ajal … tekkis uusi riiklikke moodustisi, mis kujunesid tuumikuks, millest said alguse hiliskeskaegse Saksamaa vürstiriigid … Möödus palju põlvkondi, enne kui … vürstid saavutasid oma alade üle täieliku kontrolli, ehkki juba 12. sajandi algul asusid suured aristokraatide suguvõsad teele, mis viis nende valduses olevate alade iseseisvumiseni, kusjuures just investituuritüli koos sellega kaasnevate revolutsiooniliste ühiskondlike muutustega andis neile võimaluse oma võimu maksma panna ja tugevdada.230
Saksa-Rooma keisririigi Burgundia kuningriik osutus niisuguse võimu nõrgenemise suhtes eriti tundlikuks. Võib muidugi küsida, mispärast küll ei tahtnud keisrid pärast vahepala Zähringenide hertsogkonnaga sekkuda ja lagunemisele piiri panna. Veenvaimad põhjendused on geograafilised, poliitilised ja strateegilised. Esiteks, Burgundia mägise maastiku tõttu ei saanud seal olla kindel ühegi sõjalise operatsiooni edus. Teiseks hakati automaatselt eelistama Saksamaa kuningriiki. Iga keisri surmale järgnes kindlasti sõda, mille käigus peamised kandidaadid võitlesid pärimisõiguse eest, et saada kroonitud sakslaste kuningaks, ja alles hiljem tõusis päevakorda keisriks kroonimine. Kolmandaks, saavutanud võimu Saksamaa üle, pidi iga monarh valima, kas pöörata nüüd peatähelepanu Itaaliale või Burgundiale. Peaaegu eranditult eelistati Itaaliat. Paavstivõimu residentsil Roomal oli maagiline külgetõmbejõud. Paavsti poolehoiul oli tohutu kaal ja iga võimaliku Saksa-Rooma keisri unistus oli astuda Karl Suure jälgedesse. Nii jäetigi Burgundia tähelepanuta. Üks Saksa-Rooma keiser jättis isegi nii Saksamaa kui ka Burgundia täiesti iseenese hoolde. Friedrich II (valitses 1220–1250), kes oli pooleldi itaallane, eelistas viia õukonna oma ema kodumaale Sitsiiliasse.231
Seetõttu sündis Burgundia kuningriigis paratamatult pikk rida väiksemate alade lahkulöömiskatseid. Laastud hakkasid lendama korrapäraste vaheaegade järel. Esialgne territoorium tõmbus järjekindlalt kokku.
Esimesena läks oma teed Provence, siis Venaissin, Lyon ja Dauphiné. Keisririik jättis Burgundiale mõned tähtsusetud nõuded või õigused, aga üleüldine tendents oli eksimatult äratuntav. Kuningriik lagunes aegamööda. Esimesed sammud lahkulöömise poole tegid kõrgemad kirikutegelased, kes mitmel puhul saavutasid niinimetatud vürstpiiskopi staatuse. Nende julgus rajanes sellel, et keiser vajas kiriku toetust. Sioni (Valais’s) ja Genfi piiskopid võitsid vabaduse kätte juba varakult, peagi aga järgnesid neile teisedki.
Kõige tugevamini sõnastati kiriku seisukoht investituuri asjus Burgundias 1157. aastal. Besanzi (Besançon) maapäeval julges paavsti legaat tulla välja seisukohaga, et Saksa-Rooma keisririik pole midagi muud kui paavsti beneficium, see tähendab paavsti otsustada olev vabatahtlik kingitus. Nagu märgib üks ajaloolane, riskis legaat sellega, et mõni keisri hertsog lööb ta pealuu sõjakirvega lõhki, sest ta püüdis seada kahtluse alla keisri vaieldamatut võimu. Kindlasti andis ta nii Besanzi peapiiskopile kui ka kohalikule krahvile mõtteainet.
Burgundia pfaltskrahvkond – nii hakati seda nimetama asendi tõttu kuningriigi põhjapiiril – oli otsustava tähtsusega ala. Krahv Rainald või Renaud III (surn 1148) oli kord juba üritanud luua oma väikest riiki, aga ebaõnnestunult. Pärinud naabruses Prantsusmaal Burgundia hertsogkonnas asuva Mâconi krahvkonna, kuulutas ta end Freigraf’iks ehk franc comté’ks keisririigi koosseisus. Keisrivõimule see ei meeldinud ja karistuseks konfiskeeriti suurem osa Rainaldi valdustest. Rainaldi tütar aga abiellus keiser Friedrich Barbarossaga ja nii säilis ka mälestus Rainaldi „vabakrahvkonnast”.232