Церковные суды, несмотря на неприязнь к телесным наказаниям и запрет государства на применение пыток вне государственного суда, использовали и то и другое. А.П. Доброклонский выяснил, что в практике монастырского суда в Солотчинском монастыре в XVII веке рассматривались уголовные дела (включая убийство) и применялись пытки. Георг Михельс доказывает, что применение насилия епископами в обращении со своими подчиненными было обычным делом, в том числе и в судебных вопросах. Но церковные институты также улаживали уголовные дела миром (что было противозаконно), дабы избегнуть государственных судов и возможного наказания. Так, в 1551–1552 годах игумены двух монастырей заключили мировую, «не ходя на суд перед губные старосты, по государеве царевой грамоте», в убийственном деле, где были замешаны крестьяне из двух их владений. В 1642 году монастырский крестьянин был обвинен в убийстве крестьянина другой монастырской деревни, и дело тоже кончилось миром, поскольку они хотели избежать суда новгородского воеводы[93].
Церковные суды также обращались к светским судам в уголовных делах. Так, в 1579 году староста одной из деревень, принадлежащей суздальскому Покровскому монастырю, просил воеводу расследовать крупномасштабное нападение на деревню; в 1625 году архиепископ Тобольский передал дело между боярином и сыном боярским в Приказ Казанского дворца в Москве; в 1640 году два священника решили миром убийственное дело в воеводском суде; в начале 1640-х тобольский воевода судил кражу церковной утвари слугой другой церкви и убийство, совершенное монастырским крестьянином[94].
Кирилло-Белозерский монастырь является хорошим примером того, насколько разнообразной могла быть судебная практика церковной институции. Собрание из монастырских старцев судило большинство мелких преступлений, не прибегая к помощи извне. В 1675 году расследовалось нападение одного монастырского крестьянина на другого, причем использовался обвинительный процесс, характерный для светского суда. Каждая сторона изложила свою версию произошедшего, судьи выслушали и отвергли всех свидетелей, пока не прибегли к «общей ссылке» (свидетель, на которого ссылаются обе стороны), чьи показания были против обвиняемого.