Правление царя Федора Алексеевича оказалось недолгим, в 1682 году он скончался. По старшинству власть переходила к Ивану Алексеевичу, но тот с детства был слаб, нерешителен и совершенно не готов к многотрудной доле правителя. К радости Нарышкиных «выкрикнули на царство» царевича Петра, при котором по малолетству его должна была снова править Наталья Кирилловна, теперь уже регентом. Из ссылки вернулись Артамон Матвеев и сосланная царицына родня. Но счастье было недолгим. Царевна Софья, все шесть лет бывшая так близко к трону своего слабого здоровьем брата, не собиралась выпускать власть из рук. И своим орудием Милославские выбрали стрельцов.
Возвращаясь после погребения Федора Алексеевича в Кремль, Софья обратилась к народу: «Умилосердитесь над нами, сиротами, нет у нас ни батюшки, ни матушки, ни брата, старший брат наш Иван не выбран на царство; а если мы перед вами или боярами провинились, то отпустите нас живых в чужие земли, к королям христианским». 12 мая 1682 года в Москве только что приехавший Артамон Матвеев встретился с Натальей Кирилловной, а 15 мая вспыхнул стрелецкий бунт. В три дня все вновь переменилось.
Н. Д. Дмитриев-Оренбургский «Наталья показывает взбунтовавшимся стрельцам царевича Ивана» (1862)
Стрельцов подняли криком, что Нарышкины то ли собрались умертвить царевича Ивана, то ли уже убили его. Под барабанный бой полки пошли на Кремль. Наталья Кирилловна и патриарх Иоаким вывели сыновей Алексея Михайловича на крыльцо, «явив народу», что оба живы. Но заговорщиков это не остановило… Артамон Матвеев погиб на стрелецких бердышах, Афанасия Кирилловича Нарышкина нашли в дворцовой церкви и зарубили прямо на паперти. На другой день вернулись и требовали выдать Ивана Кирилловича, говоря, что не уйдут из Кремля, пока не получат его. Бояре умоляли царицу спасти всех, выдав брата. Известны слова царевны Софьи, сказанные Наталье Кирилловне: «Брату твоему не отбыть от стрельцов, не погибать же нам всем за него». Иван Кириллович исповедовался, попрощался с сестрой и вышел к стрельцам, где его постигла та же смерть, что Матвеева и Афанасия Нарышкина.
Мать и сын глубоко и искренне любили друг друга. Наталья Кирилловна в письмах называла Петра «прелюбезным светом», он обращался к ней ласково «радость моя»
Наталья Кирилловна была отстранена от власти, ее место при малолетних правителях заняла Софья Алексеевна. На долгие семь лет вдовая царица и царь Петр были отстранены от управления государством, жили малым двором, проводя зиму в Москве, а лето в Преображенском. Петр с головой ушел в создание «потешного» войска и изучение судостроения, часто ездил на Переяславское озеро, по настоянию матери в январе 1689 года женился на Евдокии Лопухиной. И казалось бы, так и застынет все теперь, править Софье, никогда не подняться больше Нарышкиным… Но в