В марте-апреле 1917 года председатель Совета в Шериф-хане (северная Персия). С мая 1917 года член Военной организации при ЦК РСДРП(б) и Всероссийского бюро большевистских организаций в Петрограде, редактор газеты «Солдатская правда». Создал газеты «Рабочий и солдат» и «Солдат».
С ноября 1917 года член коллегии Наркомата по военным делам РСФСР, комиссар по демобилизации русской армии. В августе-сентябре 1918 года командующий войсками Северо-Восточного участка отрядов завесы.
С сентября 1918 года начальник Военного отдела ВЧК. После того как в декабре 1918 года Военный контроль и Военный отдел ВЧК были объединены в Особый отдел ВЧК – начальник Особого отдела. 1 января 1919 года Кедров издал приказ, в котором сообщалось о создании Особого отдела. Приказ предписывал объединить повсеместно органы Военного контроля и военные отделы ЧК и образовать особые отделы фронтов, армий, военных округов и губерний.
В 1918 году М. С. Кедров, совместно с А. В. Эйдуком, занимался созданием первых концлагерей и реализацией политики «красного террора» в Северной области: Архангельская, Вологодская, Вятская губернии, Карелия. Кедровым были «основаны» концлагеря в Холмогорах, Ухте, Архангельске, Котласе, Сольвычегодске, Вологде, Нарьян-Маре, Лодейном Поле.
Одновременно с марта 1919 года член коллегии ВЧК. С мая 1919 года особоуполномоченный ВЧК в Вологде, затем на Южном и Западном фронтах. Неоднократно руководил комиссиями по проверке (и чистке) различных государственных учреждений. С конца 1919 года председатель Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния Республики.
В марте 1920 года назначен членом специальной правительственной комиссии по расследованию злодеяний интервентов и белогвардейцев на Севере. Прибыв на Соловецкие острова, Кедров ликвидировал Соловецкий монастырь, сослав его руководство.
Дальнейшая работа М. Кедрова в госорганах стала невозможной: он всё сильнее злоупотреблял наркотиками, отчего у него начались психические расстройства. Дзержинский перевел его на хозяйственную работу, но все посты, которые он занимал в последующие 15 лет, были синекурой: не увольняли его лишь потому, что он был когда-то близок к Ленину. И. В. Сталин, которого Кедров изводил требованиями дать «ответственную должность», сплавил его старшим научным сотрудником Нейрохирургического института, с предписанием персоналу: к работе с пациентами не допускать. Так что «старший научный сотрудник» Кедров ходил на работу исключительно за зарплатой. Летом 1937 года М. С. Кедров был арестован. Человека, нуждавшегося в серьёзном лечении, содержали в Лефортовской тюрьме, и обвинили в «шпионаже в пользу США». Летом 1941 года его судила Военная Коллегия Верховного Суда СССР, но, видя его состояние, члены суда М. Р. Романычев, А. А. Чепцов, В. Д. Буканов назначили судебно-психиатрическую экспертизу и вынесли определение о переводе Кедрова в медицинское учреждение. Несмотря на оправдательный