Поспешный и немотивированный переезд Народного секретариата в Киев Е. Бош со временем стала считать ошибочным. Условия для деятельности правительства по многим причинам значительно ухудшились. В обстановке сплошного хаоса, нарастания внутренних разногласий, Е. Бош с её деятельной, неугомонной вплоть до фанатизма натурой всё чаще стала прибегать к решительным, резким шагам и решениям. Оппоненты начали называть её «диктатором» и даже предпринимать шаги к изоляции. Понимая это, Е. Бош сама инициировала передачу своих функций Н. Скрипнику, который вёл себя значительно обдуманнее.
Е. Бош не соглашалась без боя оставлять австро-германским войскам Киев, однако её позицию не разделяло большинство коллег из политического и военного руководства УССР. Её буквально силком эвакуировали из Киева. Было выдвинуто требование о смещении её с должности фактического главы правительства. Учитывая сказанное, а также в знак несогласия с подписанием Брестского мира, по которому советская Россия признавала мирное соглашение ЦР с Германией и её союзниками, Е. Бош 4 марта сложила свои полномочия народного секретаря. Правительство осталось без руководителя, в связи с чем в этот же день на должность главы Народного секретариата избрали Н. Скрипника.
Увлёкшись «левокоммунистическими» взглядами, Е. Бош отказалась эвакуироваться с руководящими учреждениями УССР в город Екатеринослав. Она стала политработником в группе войск В. Примакова, которая с тяжёлыми боями на протяжении двух месяцев отступала из района города Бахмач к Мерефе. Произошло новое обострение болезни. Немного подлечившись в Тамбове и Липецке, Е. Бош приняла участие в работе I съезда КП(б)У в Москве.
По настоянию В. И. Ленина и Я. М. Свердлова Е. Бош направили в Пензу, где она возглавила губком РКП(б). В этом регионе, по мнению В. И. Ленина, была «необходима твёрдая рука» для активизации работы по изъятию хлеба у крестьянства. В Пензенской губернии надолго запомнили жестокость Е. Бош, проявленную при подавлении крестьянских восстаний в уездах. Когда пензенские коммунисты – члены губисполкома воспрепятствовали её попыткам устроить массовые расправы над крестьянами, Е. Бош обвинила их «в излишней мягкости и саботаже» в телеграмме на имя В. И. Ленина. Исследователи склоняются к мнению, что Е. Бош, будучи «психически неуравновешенным человеком», сама спровоцировала крестьянские волнения в Пензенском уезде, куда её направили в качестве агитатора продотряда. По воспоминаниям очевидцев, «в с. Кучки Бош во время митинга на сельской площади лично застрелила крестьянина, отказавшегося