В отношении степной растительности также отмечается ряд различий. В Юго-Западном Прибайкалье растительность типичных Южно-Сибирских формаций обогащается небольшими включениями видов Центрально-Азиатской формации. Среди них сухие тырсовые степи, которые восточнее Мондинской котловины не распространяются, а вострецовые галофитные луга ограничены только Дархатской котловиной. В целом растительность геосистем Дархатской, Хубсугульской и Тункинской котловин является сложным гетерогенным образованием, представленным широким спектром генетически различных типов растительности и их таксономических групп. В соответствии с постепенной ксерофитизацией степных фитоценозов в направлении с севера на юг претерпевает изменения флористический состав за счет увеличения числа видов, общих с Монголией.
Итак, в Дархатской, Хубсугульской и Тункинской котловинах и их горном обрамлении выделяется пять высотных поясов – нивальный, гольцовый, подгольцовый, горно-лесной и горно-лесостепной. В высокогорном поясе отмечается присутствие различных типов высокогорных ландшафтов Северного полушария: горно-тундровых, свойственных полярным тундрам, альпийско-луговых – горам Европы и дерновинно-луговых, характерных для Центральной и Средней Азии. Горно-лесной пояс, самый развитый в Тункинской котловине и представленный широким разнообразием древесных растительных сообществ, в монгольских котловинах претерпевает постепенную редукцию как по ширине, так и по формационному составу растительности. Горно-лесостепной пояс наиболее выражен в Дархатской и Хубсугульской котловинах. Здесь отмечены черты чередования леса и степи в наиболее подходящих для них условиях, наблюдается сильная инверсия ландшафтов, а также внедрение в него типичных зональных монгольских степей.
По результатам работ 2003–2007 гг. проведено сопоставление структуры ландшафтов, растительного и почвенного покрова котловин байкальского типа и их горного обрамления, расположенных на территории Прихубсугулья и Юго-Западного Прибайкалья. В суходольных котловинах этого региона отчетливо выражена кольцевая структура ландшафтов, обусловленная воздействием так называемого «котловинного эффекта», в результате чего среди горно-таежного ландшафта сформированы островные участки ковыльных степей на черноземах и каштановых почвах. Зачастую отмечается резкая контрастность соседствующих ландшафтов, связанная со сложной орографией юго-западного фланга Байкальской рифтовой зоны и, как следствие, спецификой климата (характер распределения атмосферных осадков, температур и т. д.), а также с особенностями геологического строения. В настоящее время многие ландшафты котловин