9. augustil nõudis härra Magnitski kohtumist härra Prokopenkoga, kurtes, et halva kohtlemise tõttu on ta tervis ohus. 11. augustil esitas ta uue kaebuse, nõudes viivitamata arstiabi. 19. augustil esitasid ta advokaadid uue kaebuse nii härra Prokopenkole kui ka juurdlust juhtivale Oleg Siltšenkole, nõudes ultraheliuuringu korraldamist. Pärast seda kui härra Magnitski oli vaevelnud terve öö valude tõttu magamata, nõudsid advokaadid 23. augustil tungivalt meditsiiniliste uuringute korraldamist ja kirurgilist sekkumist koletsüstiidi ja pankreatiidi ravimiseks (viimane haigus tuleneb esimese ravimata jätmisest). Pärast kohtumist Siltšenkoga 13. oktoobril 2009 kirjutas härra Magnitski omakäelises tunnistuses:
Ma arvan, et [siseministeeriumi alampolkovnik] Kuznetsov ja teised temaga vandenõu pununud õiguskaitseorganite kaastöötajad võisid olla osalised Mahhaoni, Parfenioni, Rilendi röövimises ja sellele järgnenud 5,4 miljardi rubla röövimises eelarvest ülalkirjeldatud viisil ja olid äärmiselt huvitatud minu tegevuse katkestamisest, mis puudutas minu kliendi abistamist asjaolude uurimisel, mis olid seotud mainitud kuritegudega, mis saigi põhjuseks minu vastu ebaseadusliku kriminaalsüüdistuse esitamisel, mille uurimisega tegeleb uurija Siltšenko.
Ma arvan, et uurija Siltšenko osalusel või tema vaikival nõusolekul loodi mulle ebainimlikud ja inimväärikust alandavad kinnipidamistingimused uurimisisolaatoris.
Vahi all hoidmise ajal viidi mind viis korda üle nelja eri kinnipidamiskohta.
Ma ei jõua üles lugeda kambreid, kuhu mind loendamatu arv kordi ümber paigutati. Mulle ei osutatud arstiabi. Korduvalt on väljamõeldud põhjustel ja ilma igasuguse aluseta keeldutud lubamast kohtuda ema ja naisega, pidada telefonikõnesid minu alaealiste lastega. Vahi all pidamise ajal loodi mulle tingimused, mille tõttu jäin ilma iganädalasest õigusest kasutada dušši, vaadata televiisorit, omada külmkappi ja lihtsalt elada normaalsetes tingimustes, niivõrd kuivõrd nad võivad olla normaalsed uurimisisolaatoris.
Ma olen veendunud, et mulle on teadlikult loodud niisugused väljakannatamatud tingimused uurijate teadmisel. Ma olen veendunud, et ainuke võimalus katkestada kõik need mõnitamised on nõustuda väljamõeldud süüdistustega, rääkida sisse nii iseennast kui ka teisi.44
Härra Magnitski ei lasknud end sellisest kohtlemisest kohutada, vaid kordas 16. oktoobril 2009 kõiki süüdistusi veel põhjalikumalt. See otsustas tema saatuse. 12. novembril keelduti järjekordsel farsina paistval eelistungil järsult palvest vabastada ta kautsjoni vastu, põhjendades seda sellega, et aeg taotluse esitamiseks oli möödas. See oli suur psühholoogiline hoop, mis võib-olla süvendas füüsilisi hädasid. 13. novembril oksendas ta juba vahet pidamata, tema kõht oli silmanähtavalt paistes. Isegi veel siis oleks lihtne meditsiiniline sekkumine võinud ta elu päästa. 16. novembril viidi härra Magnitski Butõrkast Matrosskaja Tišinasse „erakorralisele ravile”. Ent sealne arst kirjutas välja kõigest valuvaigisti. Kui see tulemusi ei andnud, käskis ta härra Magnitskile selga tõmmata hullusärgi ja viia ta psühhiaatrilisele hindamisele. Saabus kaheksameheline konvoi. Nad panid sureva mehe käed raudu, peksid teda kumminuiadega ja viisid üksikkambrisse, kus ta asetati põrandale ja aheldati kättpidi voodi külge. Poolteist tundi hiljem leidsid ta surnuna arst ja õde, kes olid pidanud ootama tund ja kaheksateist minutit ukse taga.
Umbes samal ajal hakkasid härra Browderi töötajad Londonis saama mobiiltelefonidele nappe ähvardavaid venekeelseid sõnumeid. Koopiad, mida ma olen näinud, tekitavad hirmu. Üks teatas: „Ma ei teagi, kumb on hirmutavam … surm või vangla?” Üks hilisem kasutas saaja hirmutamiseks tsitaati „Ristiisast”: „Kui ajalugu on meile midagi õpetanud, siis seda, et kõiki saab tappa. Michael Corleone.” Pärast surma teatas üks sõnum mõnitades: „Jurist sureb uurimise ajal huvitava kriminaalasja käigus. Sümboolne juhtum. Kinnimakstud artiklitest pole abi. Väljaandmine jne.”
Isegi Venemaal, kus avalik arvamus on võimude väärkäitumisega juba harjunud, tekitas härra Magnitski surm terava avaliku vastukaja. Ta ei olnud mõni poliitilise opositsiooni marginaalne tegelane ega uuriv ajakirjanik, kes ise endale häda kaela kutsuks, ega ka pärit riigi rahutust ja vägivaldsest lõunaosast, kus paljude venelaste meelest saab ainult võimude karm käitumine mingilgi moel vaos hoida vägivaldsete islamistlike äärmuslaste terroristlikke puhanguid. Härra Magnitski ei sobinud ühtegi mainitud kategooriasse – ta oli lihtsalt oma tööd tegev keskklassi jurist. Hilinemisega hakkasid mõningad süsteemi hammasrattad lõpuks liikuma. Surverühmad ja ametlikud järelevalveorganid astusid esimesed sammud. Vaid mõni nädal hiljem süüdistas sõltumatu organisatsioon Moskva avaliku järelevalve komisjon surmas „psüühilist ja füüsilist survet”. Üks liige nimetas seda lausa „ettekavatsetud mõrvaks”.45 Moskva Helsingi grupp, mida juhib Nõukogude teisitimõtlemise suurkuju Ljudmilla Aleksejeva, esitas tugevasti argumenteeritud kriminaalsüüdistuse. Avalduses öeldi, et surm:
ei juhtunud kogemata. See ei juhtunud kõigest mõne konkreetse vanglaametniku tähelepanematuse või hooletuse tõttu. Sergei Magnitski suri tema suhtes teadlikult rakendatud piinamise tõttu.
Surve kasvades andis härra Medvedev korralduse alustada ametlikku juurdlust. Ta kirjutas alla korraldusele, mille kohaselt ei tohi maksupettuses kahtlustatavaid vahi alla võtta. Kakskümmend vanglaametnikku, sealhulgas föderaalse karistusasutuste teenistuse ülema asetäitja, vallandati, kuid üheksateistkümnel neist polnud midagi pistmist Magnitski juhtumiga. Ainuke otseselt asjaga seotud isik oli kindralmajor Anatoli Mihhalkin, kes juhtis siseministeeriumi Moskva maksukuritegude osakonda ja keda härra Magnitski oli maininud ühes oma kaebuses. Tagandamise ametlik põhjus oli „erruminek”. 25. juunil 2010 algatas siseministeeriumi sisekontrolli osakond pärast proua Clintoni pöördumist juurdluse Kuznetsovi kohta. See ei andnud tulemusi. Vastupidi, mitu otseselt asjaga seotud isikut said medaleid ja ametikõrgendust. Kuznetsov viidi Moskva maksukuritegude osakonnast üle siseministeeriumi föderaalsesse majanduskuritegevuse osakonda. Ka Karpov asus tööle föderaalsel tasandil. Juurdluskomitee ametlik juurdlus mõistis uurija Siltšenko, kes kõige vahetumalt vastutas härra Magnitski surma eest, kõigis punktides õigeks. Nädal enne surma-aastapäeva pidas siseministeerium iga-aastast autasustamisüritust, kus tunnustati enam kui miljoni töötaja seast kolmekümmend „parimat uurijat”. Viis autasu läksid vahetult Magnitski juhtumiga seotud isikutele, sealhulgas Siltšenkole ja Karpovile. Tugevnev rahvusvaheline hukkamõist tõi kaasa Venemaa üldiselt vähetõhusad ja rohkem näilikud vastukäigud. Härra Medvedevi inimõiguste nõukogu loodud komisjon nentis, et Siltšenko „kannab tõsist vastutust Magnitski surma eest” ja et too võis surra sanitaride peksmise tagajärjel.46 Juurdluskomitee 2011. aasta juuli aruanne möönis, et härra Magnitski suri arstiabi puudulikkuse tõttu. Kuid siseministeerium väitis, et „pole alust” uurida nende töötajate tegevust. Seevastu teatas Venemaa prokuratuur, et nad kavatsevad avada härra Magnitski süüasja (jah, tõepoolest, Venemaal saab kohut käia isegi surnutega). Nad kutsusid tunnistajaks isegi tema ema.
Samal ajal olid kurjategijad rikkaks saanud. Venemaa ametlikest dokumentidest selgub, et Kuznetsovi, tema abikaasa ja pensionäridest vanemate nimele registreeriti ajavahemikus Firestone Duncani läbiotsimisest kuni härra Magnitski surmani kolme miljoni dollari väärtuses autosid ja kinnisvara. Hermitage’i korraldatud uurimise tulemusel väideti, et Moskva maksuinspektsiooni kõrgem ametnik Olga Stepanova, tema alluvad ja nende perekonnad