Памятуя боевые заслуги, в 1523 году его назначают канцлером (генеральным администратором) всей Вармии. В 1531 году папа делает Коперника своим представителем – нунцием в Ольштыне. В 1535 году Николай уже смотритель храмов и монастырей, или визитатор. После, в 1538 году – он снова нунций. Эти высокие назначения говорят о том, что при жизни Коперника церковь не осуждала его учение. Напротив – просвещенный папа римский Климент VII в 1533 году собрал кардиналов в Ватиканском саду, где все заслушали доклад папского секретаря Коперника о гипотезе гелиоцентризма. Его учение одобрили и даже позволили ему прочесть в Риме серию лекций. И лишь в 1616 году теория гелиоцентризма была признана противоречащей священному писанию. Последовало включение книги Коперника «О вращении небесных сфер» в «Индекс запрещённых книг», из которого эта работа была исключена лишь в 1835 году.
В 1528 году в довольно почтенном возрасте Коперник встречает свою любовь. Анна была дочерью знаменитого резчика по металлу Матца Шиллинга, который, по одной из версий, приходился Копернику дальним родственником по линии матери. Юная Анна настолько очаровала ученого, что заглавие столбца на астрономической таблице, предназначенного для планеты Венеры, Николай обвил рисунком листьев плюща, которые составляли герб семейства Шиллингов. Коперник разрывается между желанием сердца и голосом разума: ведь ему все-таки уже 55 лет и, как каноник, он держал обет безбрачия. Позволить себе разрушить тот уклад, в котором он прожил всю жизнь, сломать свою беспрекословную репутацию – для Николая такой шаг был не из легких. Поначалу он пытается противостоять нахлынувшим чувствам, но увы – это выше его сил. Он не может скрывать свою любовь от возлюбленной и… вскоре Анна Шиллинг переезжает в его дом в качестве экономки.
До поры, до времени коллеги-церковники переносили такое положение вещей с ворчанием, но и со стоицизмом. Однако в 1537 году избранный Вармийским епископом Ян Дантишек, получив донос от неугомонных доброжелателей, прервал идиллию в доме Коперника и повелел Анну выселить. Ей вменялось то, что она «свела с ума почтенного астронома». Кроме того, несчастной девушке было запрещено проживать в Фромборке. Ей пришлось уехать в Кёнигсберг, будто в ссылку.
Следует отметить, что в юности Коперник и Дантишек бывало, что и дружили. Но Николая не радовали интриги и загулы приятеля, и он прервал отношения. Прошли годы, и гуляка Ян превратился, как часто бывает, в оголтелого моралиста. Дантишек лицемерно мстил, угрожая Копернику взысканиями даже за тайную заботу об Анне. Неслыханная подлость епископа