В том же году Монж и Бертолле рекомендуют Фурье Наполеону для участия в Военной экспедиции в Египет. Спустя месяц после разгрома мамелюков, 22 августа 1798 года в Каире открывается Академия Египта, в которой Жозефу отводиться почетная должность секретаря. Кроме математики, теории теплопроводности и археологии, Фурье успешно занимается дипломатией. Несмотря на знаменитое: «Ослов и ученых на середину», произнесенное однажды Наполеоном при нападении мамелюков на французскую колонну, Жозефу приходилось принимать участие и в оборонительных боях. В Египте ему довелось повидать множество смертей, столкнуться с цинизмом, которым пропитана любая война. Однако Фурье остался верным своим идеалам добра и справедливости.
Наполеон, разглядывающий мумию Рамсеса у стен гробницы.
После разгрома Нельсоном 1 августа 1798 года французского флота, Наполеон спешно покидает Египет. 9 ноября 1799 года во Франции император провозглашает режим консульства. Фурье возвращается на родину лишь в 1801 году. При этом французский боевой корабль, на котором он добирался во Францию, был захвачен англичанами. Жозефа заподозрили в шпионаже, ему снова угрожала смерть. Ученого спасло то, что английский адмирал Уильям Смит увлекался математикой и из публикаций в египетских научных изданиях прекрасно знал работы Фурье. Содержание этих журналов было хорошо известно англичанам благодаря перехвату почтовых судов французов. А ведь, участвуя в создании научной редакции в захваченном Египте, Жозеф и не мог предположить, что эти старания спасут ему жизнь.
По возвращению во Францию Фурье снова пытается преподавать в Политехнической школе, однако у Наполеона на его счет иные планы. Император предложил Жозефу административную должность: «Префект департамента Изер недавно скончался, поэтому, будучи уверенным в гражданине Фурье, назначаю его на это место». Сам ученый был отнюдь не в восторге от такого поворота событий.
Однако в январе 1802 года он отправился в назначенный Гренобль. Там Жозеф с присущим ему энтузиазмом руководит мелиорацией земель и прокладкой дорог, за что в 1808 году получает от Наполеона баронский титул и Орден Почетного легиона. Параллельно он работает