Ehkki sõjasadama rajamine jätkus, jäi hoogne ehitustegevus 1725. aastal imperaatori surma tõttu Pakri poolsaarel soiku.
1759. aastal laekus Admiraliteedi Kolleegiumi kantseleisse mahukas postisaadetis, mis sisaldas põhjalikku ettekannet kogu Soome lahe tuletornivõrgu kohta. Selle üksikasjaliku esildise autor oli professionaalne vene hüdrograaf kontradmiral Semjon Mordvinov. Kontradmiral tõi ühe põhilisema ebakohana välja Soome lahe tuletornide vähesuse. Oma eriala tundjana pakkus ta samas ka probleemile praktilisi lahendusi. Kõnealust puudust lootis mees osaliselt korvata tuletornide püstitamisega Osmussaarde ja Suurupisse. Mereväeohvitseri esitatud projekti kohaselt kohustati Rogerwiegi ehituskontorit rajama tuletorni Osmussaare asemel hoopiski Suur-Pakrile. Mitmete ebakõlade tõttu käskis Admiraliteedi Kolleegium Suur-Pakri asemel ehitada lõpuks Pakerordi (Pakri neeme) paeplatool kõrgunud senise torni asemele 48 jala kõrguse paekivitorni. Ühtedel andmetel võis siiski tegu olla pelgalt sama torni ümberehitusega. Vastse tuletorni laternas katsetati sedapuhku valgusallikana küünlaid. Tallinnast kroonuülemustele läkitatud ettekandes juhiti sellele uudsele asjaolule tähelepanu, kuid tõdeti, et riiklikust seisukohast lähtudes oleks otstarbekam ja majanduslikult kasulikum siiski puude põletamine. Vastuseks saadigi Admiraliteedi Kolleegiumilt selgesõnaline juhis: põletatagu seal puid ja sütt.317
Seega otsustati ikkagi, et just „riigikassa tulude säästlikkuse seisukohalt peetakse otstarbekamaks küttepuude kasutamist põletusvahendina.“ Sugugi pole mõistlik tarvitada põletiseks fašiine (haokubusid). Küünalde tarbimist tornides takistas nende suhteliselt soolane hind.318
Sadama juurde ehitatud asula elus oli tähelepanuväärne 1762. aasta. Mitte ainult seetõttu, et 28. juunil tõusis Venemaa troonile Katariina II, vaid ka seepärast, et siinse lahe järgi algse toponüümi saanud Rogerwiek muutus nüüdsest alates asulaks, mis ümbernimetuse järel hakkas kandma nime Balti sadam (vn Балтийский порт, sks Baltischport, pr Port Baltique). Liikvel oli veel teinegi nimeversioon. Sama aastanumbri sees merekindluse ehitustööde ülemaks määratud kindralfeldmarssal Burchard von Münnich pakkus välja lausa lipitsejaliku ettepanekuna Jekaterinenstadt. Viimane nimevorm ei leidnud õnneks küllaldaselt toetajaid.
Uue asehalduskorra kehtestamisega 1783. aastal nimetati Paldiski linnaks. Juba aasta pärast kinnitati kreisilinnale oma vapp: hõbedasel taustal punane muul torniga ja sinine meri, mida ümbritses vapikiri Siegel der Kreis Stadt Baltisch Port.319
Venemaa võimuahne keisrinna Katariina II jõupingutustest hoolimata ei edenenud Paldiski kindlustustööd piisaval määral. Võimas rannakaitsekompleks kerkis üsna aeglases tempos, nagu oli seda ette kuulutanud Soome feldmarssal Augustin Ehrensvärd (1710–1772).320 Veel 1790. aasta kevadel oli tulevase merekindluse kaitse sedavõrd nõrk, et Rootsi laevastik ründas Paldiskit, lootes hävitada samas randunud Vene sõjalaevu. 17. märtsil korraldatud fregattide kallaletungi juhtis mereväekapten Olof Rudolf Cederström. Kahe sõjalaeva – Jarramas ja Ulla Fersen – saabumine üllatas kindluse valvemeeskonda, nii et Porkkala merekindlusest alustele ühes võetud kahe kompanii suurune väeüksus suutis bastioni vallutada veretult. Suure viljakoguse ja muu kindlusekraami põletamise järel lahkus võõrväeosa samadel kiiretel sõjalaevadel tagasi üle Soome lahe.321
Paljude ebaõnnestumiste kiuste jätkus Tsaari-Venemaa loodepiirkonna kroonukindluses tavapärane garnisoniteenistus. Ometi oli midagi lootusetult muutunud. 1798. aastal kustutati Paldiski rannakaitsekompleks keisririigi Admiraliteedi Kolleegiumi merekindluste nimekirjast.
19. aastasaja algul asus Soome lahe tuletornide ülemana teenistusse teise järgu kapten Leonti Spafarjev, kelle teeneks võib lugeda ka Pakri tuletorni järjekordse tehnilise ajakohastamise. 1808. aastal (teiste andmete järgi juba 1803. aastal) tõsteti paekivitorni paarikümne jala jagu ja Pakri tuletorn sai laternaruumi, kus hakati põletama küünlaid. Moderniseerimise käigus paigaldati meremärgi laternaruumi peagi juba 15 (teistel andmetel 16) hõbetatud sfäärilist peeglit koos samasuguse hulga kanepiõlilampidega.322
Ühtäkki tunnistas ametkond tolleks ajaks poolteise sajandi vanuse tuletorni avariiohtlikuks objektiks – vaid tühised 17 meetrit lahutasid tuletorni merepinnast pea veerandsaja meetri kõrguse pankranniku ohtlikult murenevast kaldajärsakust.
Tänaseks on Soome doktorikraadiga kaptenleitnandile Aarni Lehtile pisut paotatud Venemaa Riikliku Merejõudude Arhiivi (РГА ВМФ) seniajani saladuses peetud teatmekogusid. Arhivaalidest selgub, et juhtivatel Vene laevastikuadmiralidel mõlkus ikka meeles Peeter Suure algatatud projekt Paldiskisse ehitatavast sõjasadamast. Vahetult pärast Krimmi sõda asus kindraladmiral Konstantin Nikolajevitši loodud komitee arengujärgus laevastiku jaoks otsima sõjaväebaasi õiget asukohta. Viitseadmiral Panfilov jõudis kindlale seisukohale, et laevastikubaas tuleks rajada just Paldiskisse. Asjakohane raport esitati kindraladmiralile endale. Seepeale kinnitati 24. aprillil 1857. aastal kohe ka 14 000 rubla suurune rahaeraldus pinnaseuuringuteks ja projekteerimistöödeks. Isegi tsaar Aleksander II oli positiivselt häälestatud, ergutades komiteed sellest ettevõtmisest ühtlasi ulatuslikumalt teavitama. Aastateks 1857–1859 visandatud ehituskava eeldas 23 miljoni mahus sihtrahastamist. Veel 1859. aastal peeti kõnealuse kavatsuse teostamist igal juhul hädatarvilikuks. Paraku ei võimaldanud valitsev rahanduspoliitiline olukord seda päratut sihtannetust eraldada. Seega lükkus kogu kava elluviimine edasi, ometi kohustuti tulevikus ehitusplaani päevakorras hoidma.323 Need Vene mereministeeriumi kantseleist pärinevad huvipakkuvad andmed jõuavad käesoleva trükise vahendusel esmakordselt eesti lugejani.
1887. aastal algas järjekordse meremärgi rajamine ning 1889. aasta viinakuu avapäeval süttis Pakri uude tuletorni paigaldatud Fresneli 1. järgu dioptrilises valgustusseadmes tuli. 72,2 meetrit üle merepinna kõrguv paekivist torn püstitati vanast navigatsioonimärgist 80 meetrit eemale. Nüüdsest lahutas sihvakat torni klindi ohtlikust servast 173,5-meetrine maariba. Torni kiviosale monteeriti metallist teenistussektsioon, mille kohal paikneb kuppelkatusega tuleruum. Jalamilt mõõtes 52,3 meetri kõrgune silindrikujuline ehitis on kõrgeim siinsetesse randadesse püstitatud kivituletorn.324 Navigatsiooniteatmike järgi oli sellal Pakri tuletorni tuli 17,7-miilise nähtavusega. Muidugi puudutasid põhjalikud uuendused kogu tuletornikompleksi. Senine torn lõhuti maha kuni esimese korruseni, alles jäänud osa leidis kasutust laohoonena. Samas olid jääkelder, tarastatud teenistushoone, ait ja saun. Meremärgi nigelavõitu udukell jäi helitugevuse poolest napiks ning 1904. aastal ehitati võimsa pneumaatilise udusireeni tarvis eraldi kivihoone. Eesti esimene riiklik looduskaitseinspektor Gustav Vilbaste rõhutas laiale lugejaskonnale Pakri navigatsioonimärgi tähtsust: „Neemel asub kõrge Pakerordi paak, millelt avaneb tore vaade ümbruskonnale ja laiale lagedale merele, kus paistavad Naissaar, Pakri saared ja Osmussaar. Paak hoiatab laevu sattumast iseäranis Sundrahnule (Sundstein), mis suure kivipangana asub Osmussaare ja Põõsaspea (Spithamni) nina vahel, vaevalt 0,6 meetrit veepinnast alamal.