Окружной суд назначался императором по представлению министра юстиции и состоял из нескольких отделений. При окружном суде по уголовным делам предусматривался институт присяжных заседателей.
Второй инстанцией для окружных судов была судебная палата, имевшая департаменты. Судебная палата была апелляционной инстанцией для гражданских и уголовных дел, рассмотренных окружным судом без присяжных. Судебная палата была первой инстанцией по государственным преступлениям, должностные преступления рассматривались ею с участием коронного суда и сословных представителей.
Сенат стал верховным кассационным судом по делам с нарушением правил судопроизводства или неправильного применени законов, но не принимал жалобы по существу дела.
Была реорганизована прокуратура, её включили в судебное ведомство, во главе её стоял генерал-прокурор, он же министр юстиции. При всех судах, кроме мировых, были прокуроры, которые следили за точным соблюдением законов, выявляли их нарушения и нарушителей.
Полностью была изменена система предварительного следствия, которая была изъята из ведения полиции. Предварительное следствие теперь велось судебными следователями, которые подчинялись прокурорам и председателям судов. Председатели судов, прокуроры и судебные следователи должны были обязательно иметь высшее юридическое образование или солидную юридическую практику. Судьи и судебные следователи были несменяемы, имели высокие оклады (выше были только в Англии).
Был учреждён совершенно новый для России институт адвокатуры. Большое значение имело принятие подробного устава гражданского судопроизводства из 1460 статей, который отражал потребности рыночного развития. Имущественные споры рассматривались только в двух инстанциях вместо множества раньше.
Введение судебных уставов в действие было растянуто на 35 лет. В 1866 г. были созданы первые судебные округа с центрами в Москве и Петербурге. В этих судебных округах были созданы окружные и мировые суды, прокуратура и адвокатура. Судебные палаты имели в своём округе по несколько губерний. Потом судебные палаты создавались в других местах в течение почти 20 лет. В ходе осуществления судебной реформы в неё вносились изменения реакционного характера. Так, когда в 1896 г. судебные уставы были введены в Архангельской губернии и в Сибири, то мировые судьи уже не избирались, а назначались министром юстиции, съезды мировых судей не созывались, не было судебных следователей, их функции выполняли мировые судьи, присяжных заседателей также не было. Ещё на два года позже судебная реформа дошла до Средней Азии и Казахстана на тех же основаниях.