Опасения России оказались отнюдь не беспочвенны – на протяжении XVII–XVIII вв. казачество шло в авангарде мощных антиправительственных выступлений, из его рядов вышли предводители казацко-крестьянских восстаний – Степан Разин, Кондратий Булавин, Емельян Пугачев. Велика была роль казаков во время событий Смутного времени в начале XVII в. Поддержав Лжедмитрия I, они составили существенную часть его военных отрядов. Позднее вольное русское и украинское казачество, а также русские служилые казаки принимали активное участие в стане самых разных сил: в 1611 г. они участвовали в первом ополчении, во втором ополчении уже преобладали дворяне, но на соборе 1613 г. именно слово казачьих атаманов оказалось решающим при избрании царя Михаила Федоровича Романова.
Неоднозначная роль, которую играли казаки в Смутное время, заставило правительство в XVII в. проводить политику резкого сокращения отрядов служилых казаков на основной территории государства. Но в целом российский трон, учитывая важнейшие функции казачества как военной силы в пограничных районах, проявлял долготерпение и стремился подчинить его своей власти.
Чтобы закрепить верность российскому престолу, цари, используя все рычаги, сумели добиться к концу XVII в. принятия присяги всеми войсками (последним ее принимало Войско Донское – в 1671 г.). Из добровольных союзников казаки превратились в российских подданных. С включением юго-восточных территорий в состав России казачество осталось лишь особой частью российского населения, постепенно потеряв многие свои демократические права и завоевания. С XVIII в. государство постоянно регламентировало жизнь казачьих областей, модернизировав в нужном для себя русле традиционные казачьи структуры управления, превратив их в составную часть административной системы Российской империи.
С 1721 г. казачьи части находились в ведении казачьей экспедиции Военной коллегии. В том же году Петр I упразднил выборность войсковых атаманов и ввел институт наказных атаманов, назначаемых верховной властью. Последних остатков независимости казаки лишились после поражения Пугачевского бунта в 1775 г., когда Екатерина II ликвидировала Запорожскую Сечь. В 1798 г. по указу Павла I все казачьи офицерские чины были приравнены к общеармейским, а их обладатели получили права на дворянство. В 1802 г. было разработано первое Положение для казачьих войск. С 1827 г. августейшим атаманом всех казачьих войск стал назначаться наследник престола. В 1838 г. был утвержден первый строевой устав для казачьих частей, а в 1857 г. казачество перешло в ведение Управления (с 1867 г. Главное Управление) иррегулярных (с 1879 г. – казачьих) войск Военного министерства, с 1910 г. – в подчинение Главного штаба.
Казачество