После этой успешной кампании Мурад выдержал десятилетнюю паузу, считая преждевременным предпринимать вторжение в Венгрию, и сосредоточил свое внимание на операциях в Анатолии. Но он был обязан вернуться в Европу, когда его ненавистный сын Савджи вступил в нечестивый союз с Андроником, старшим сыном императора Иоанна, который был опозорен и вытеснен своим братом Мануилом, ныне соимператором отца. Савджи и Андроник подняли во Фракии восстания, каждый против своего отца. Осажденные в Димотике, они вскоре были вынуждены сдаться и столкнуться лицом к лицу с жестоким возмездием Мурада. После того как греческие повстанцы были привязаны друг к другу и сброшены с городских стен в воды Марицы, Мурад выколол своему сыну глаза, а затем обезглавил его. Он приказал отцам молодых турок, участвовавших в восстании, последовать его примеру, ослепив и казнив своих собственных сыновей, и все выполнили этот приказ, кроме двоих, которых самих казнили вместо их детей. Мурад настаивал, чтобы император также ослепил своих собственных сына и внука, что и было проделано с помощью кипящего уксуса, но неудачно, так что у них зрение восстановилось. Их выздоровление в принципе отвечало интересам Мурада, который опасался соперничества со стороны собственного сына, но стремился оставить в живых Андроника и его отца-императора, и тем самым служить целям османов в отношении Константинополя.
Вскоре после этого настала очередь Мануила, младшего сына императора, запятнать свою репутацию. В качестве губернатора Салоники он оказался вовлеченным в заговор с целью сбросить власть Мурада в Сересе. Когда заговор провалился и османы осадили Салоники, он бежал в Константинополь. Здесь его отец, опасаясь Мурада, отказался принять его. Он был вынужден, таким образом, просить у Мурада прощения в Бурсе. Султан милостиво простил Мануила и восстановил его на императорском троне вместе с его отцом.
В свою очередь, брат Мануила, Андроник, бежал из башни, в которую заточил его отец. Он осадил Константинополь и вошел в город в союзе с генуэзскими и османскими войсками и короновал себя императором Андроником IV, сначала отправив в ту же самую башню своих отца и брата Мануила. Три года спустя они бежали через Босфор, чтобы вместе предстать перед султаном в качестве просителей. Мурад, теперь уже уверенно ведущий свою игру в манипулировании обеими партиями в их византийской династической борьбе, настаивал, чтобы Андроник был прощен и получил пост губернатора Салоники наряду с другими городами. Но он восстановил Иоанна и Мануила на императорском троне в обмен на большую ежегодную дань, обещание поставить значительный воинский контингент византийских солдат для службы в османской