Несмотря на то, что добыча была главным стимулом, привлекавшим людей в эти глухие места, казаки остерегались грабить русские земли и купеческие караваны. Это могло навлечь на них царский гнев и опалу, что грозило прекращением выплаты жалованья. Донцам хватало того, что они получали в ходе набегов на кочевников и турок и персов.
Начиная со времен Ивана IV Грозного московские правители стали привлекать казаков на свою службу, обещая им богатые подарки и высокое жалованье. Каждый год донские казаки зимой отправляли посольство в Москву для получения жалованья. За верную службу царь награждал казаков деньгами и хлебом, выделал им оружие, свинец, порох и сукно. Все это на подводах доставлялось в Воронеж, где перегружалось на заранее заготовленные царские струги. Далее казаки шли вниз по Дону водным путем, пока не достигали Черкасска. Приезд каравана был настоящим событием, его встречали не менее пышно, чем возвращавшихся из военного похода. На войсковом круге распределялось денежное и вещевое жалованье.
В этих условиях положение казаков на Днепре, Дону, Волге и Яике было неоднозначным. Находясь в пограничной полосе Русского государства, они, прежде всего, выполняли функции защиты со стороны Дикого поля и были основной ударной силой на юге, однако в Поволжье, ввиду отсутствия мощного противника, характер действий казаков наносил значительно больший ущерб экономике и внешнеполитическим отношениям государства. Здесь скопилось слишком большое число «воровских людей» которые угрожали не только торговле, но и всей структуре государственной власти, что было наглядно продемонстрировано во время восстания Степана Разина.
Отношения донского казачества с московскими властями так же были противоречивыми. С одной стороны, казаки выполняли военные функции, защищая границы государства от татарских нашествий, за что получали жалованье, главным образом в виде хлеба, боеприпасов и конечно денег. С другой стороны, они были слишком беспокойным народом: постоянно совершали набеги на пограничные турецкие и татарские владения, принимали у себя беглых крестьян.
В XVI веке донские казаки начинают участвовать в военных кампаниях Московского царства за пределами своих земель. В частности, они принимали участие в осаде и взятии Казани в 1552 году, активно действовали против поляков и шведов в Ливонской войне (1558–1583 годы).
Русские цари пытались, как и их польские коллеги, взять под контроль казачество, назначая своих должностных