Впрочем, польские власти не слишком доверяли запорожским казакам, поскольку они продолжали поддерживать отношения с пограничным русским населением, а через них и с московскими властями. Поэтому неудивительно, что часть казаков, после смерти Дашковича, перешла в подданство Москвы. Инициатором перехода стал Дмитрий Вишневецкий, который отправил атамана Есковича с 300 казаками в Москву с предложением своих услуг Ивану IV.
Казаки были слишком хорошими воинами, чтобы от их услуг можно было легко отказаться. Поэтому в 1576 году при гетмане Богдане король Стефан Баторий пожаловал казакам хоругвь, бунчук, булавы, герб и выбрал из числа казаков старшин. Шесть тысяч казаков были занесены в специальные реестры, получая плату за воинскую службу. Однако количество желающих существенно превышало выделенные квоты, поэтому те, кто не попадал в реестр, устремлялись в низовья Днепра, за пороги, где занимались грабежом на границе. Так началось разделение казачества на реестровое и низовое, или вольное. Каждая из этих категорий казаков выбирала себе предводителя – гетмана, который должен был возглавлять их в военных походах и представлять во время дипломатических переговоров.
После смерти Стефана Батория в 1586 году и восшествия на престол Сигизмунда III запорожцы еще больше усиливают нажим на турецкие владения. В это время запорожское войско начинает быстро увеличиваться за счет населения центральных районов Украины. Это явление носило столь массовый характер, что польские власти были вынуждены в 1589 году издать универсал, запрещающий украинцам переселяться в низовья Днепра. Уличенного в грабежах местные власти должны были передавать суду для последующей публичной казни. Для выполнения этого закона были выделены особые чиновники, которые должны были следить за передвижениями в приграничье и доносить коронному гетману о действиях запорожцев. Как показала дельнейшая история, эти меры оказались крайне неэффективными.
В 1590 году Сигизмунд издает новый указ, согласно которому украинские гетманы должны были утверждаться лично королем. Кроме того, он ограничил число реестровых казаков до 6000 человек. Они не имели право совершать самовольные военные походы и заключать соглашения от своего имени. Для надзора за соблюдением этих условий король назначал своих чиновников. В последующие времена эти постановления будут неоднократно повторяться, но запорожцы их игнорировали.
Великое войско донское
В то же время, когда формировалось запорожское казачье войско, происходило формирование и донского. На южное пограничье Руси стекались толпы бедняков, которые стремились найти здесь вольное житье. Многие из них были преступниками, которые желали поживиться за счет богатых караванов, направлявшихся вниз