В том же году Арсений вновь отказался принять партию инвалидов и на жалобу Коллегии экономии Сенату ответил последнему «поносительными словами». От неприятностей Мацеевича спасло опять заступничество Елизаветы Петровны. Арсений решил более не испытывать судьбу и стал проситься на покой, но императрица отказала в просьбе. При Екатерине Арсений воспрянул духом и всерьез воспринял обещание императрицы не отбирать имения у духовенства. Но последовавшие затем практические меры развеяли радужные надежды. Неведомыми каналами Мацеевичу стало известно отношение комиссии к церковному землевладению, и он, очертя голову, ринулся в бой. Уже 9 февраля 1763 года в Ростовском соборе Арсений совершил вызывающий обряд отлучения не только тех, «кто встанет на церкви Божии», но и их крамольных советников. Проклятию подлежали также все, кто покушался на церковные имения.
Тем самым Арсений встал на путь открытой схватки с церковными иерархами, сидевшими в Синоде, и самой Екатериной. 6 марта того же года он отправил в Синод доношение с напоминанием обещания императрицы поднять скипетр в защиту «нашего православного закона». Заявлением, что даже при татарском иге церковное землевладение оставалось неприкосновенным, Арсений бросил вызов как духовной, так и светской власти. Протестовал ростовский митрополит и против навязываемой государственной властью обязанности монастырей содержать «всякие науки»: философию, богословие, астрономию, математику. Он соглашался лишь на содержание монастырями начальной школы.
Одновременно с официальным донесением Синоду Арсений решил оказать влияние на императрицу через приближенных к ней лиц – он отправил письмо симпатизировавшему ему А. П. Бестужеву-Рюмину и давнему своему приятелю духовнику Дубенскому. Бестужев замолвил словечко в защиту Арсения, но, получив от императрицы резкую отповедь, решил ей более не докучать. Екатерина писала: «Я чаю ни при котором государе столько заступления не было за оскорбителя величества, как ныне за арестованного всем Синодом митрополита ростовского». Она напомнила, что в прошлом даже за менее серьезные прегрешения «преосвященным головы секли», и что она, несмотря на свое милосердие и человеколюбие, обязана наказать нарушителя «тишины и благоденствия народа».
Синод 12 марта направил императрице доклад с осуждением