Король не выполнил своих обещаний. В походе Лжедмитрия I королевская армия не участвовала. Под знаменами Отрепьева собрались около двух тысяч наемников – всякий сброд, мародеры, привлеченные жаждой наживы. Эта армия была слишком малочисленной, чтобы затевать интервенцию в Россию. Но вторжение Лжедмитрия поддержало донское казачье войско.
Несмотря на то что царские воеводы, выступившие навстречу самозванцу с огромными силами, действовали вяло и нерешительно, интервенты довольно скоро убедились в неверности своих расчетов. Получив отпор под стенами Новгород-Северского, наемники в большинстве своем покинули лагерь самозванца и ушли за рубеж. Нареченный тесть самозванца и его «главнокомандующий» Юрий Мнишек последовал за ними. Вторжение потерпело провал, но вооруженная помощь поляков позволила Лжедмитрию продержаться на территории Русского государства первые, наиболее трудные месяцы, пока волны народного восстания не охватили всю южную окраину государства. Голод обострил обстановку.
Дворянство в массе своей настороженно отнеслось к самозваному казацкому царьку. Лишь несколько воевод невысокого ранга перешли на его сторону. Чаще крепости самозванцу сдавали восставшие казаки и посадские люди, а воевод приводили к нему связанными.
Теперь бывший боярский слуга и расстрига Отрепьев, оказавшись на гребне народного выступления против Годунова, попытался сыграть роль казацкого атамана и народного вождя. Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно формировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. Самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Войско Лжедмитрия тем не менее было наголову разбито царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 года. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости решилась судьба династии.
Обуреваемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете?
13 апреля 1605 года Борис скоропостижно умер в Кремлевском дворце. Передавали, будто он из малодушия принял яд. Находившийся при особе царя во дворце Яков Маржарет засвидетельствовал, что причиной смерти Бориса явился апоплексический удар.
Незадолго до кончины Годунов решил доверить командование армией любимому воеводе Петру Басманову,