Лідер ОУН Євген Коновалець, використовуючи свій дипломатичний і організаційний талант, умів гасити суперечності. Загибель його 1938 р. у Роттердамі стала важкою втратою для націоналістичного руху. Спадкоємцем Коновальця став його найближчий соратник, полковник Андрій Мельник – людина добре освічена, стримана і толерантна. Подальші події прийняли драматичний оборот для українського національно-визвольного руху.
Після нарад у Кракові і Відні Бандеру було делеговано до Рима для переговорів з Мельником. Головна розбіжність між Проводом ОУН і Крайовою екзекутивою полягала в стратегії національно-визвольної боротьби. Бандера і його однодумці вважали за необхідне підтримувати контакти з усіма воюючими сторонами, не зближаючись ні з яким угрупованням, розраховуючи лише на власні сили, оскільки в незалежності України не був зацікавлений ніхто. Фракція Мельника вважала, що потрібно робити ставку на Німеччину.
Не зумівши домовитися, кожне з двох угруповань проголосило себе єдиним законним керівництвом ОУН. Надалі антагонізм між ними досяг такого загострення, що вони нерідко боролись одне проти одного з такою жорстокістю, як і проти ворогів України.
Ставлення німецького керівництва до ОУН було суперечливим. Користуючись цим, бандерівцям удалося створити «Легіон українських націоналістів», що складався з двох батальйонів – «Нахтіґаль» (соловей) і «Роланд». Німці планували використовувати їх у підривних цілях, а Бандера сподівався, що вони стануть ядром майбутньої української армії.
30 червня 1941 p., відразу ж після відступу Червоної Армії, Національні збори у Львові проголосили Акт відновлення Української державності. Було утворено український уряд у складі 15 міністрів на чолі з Ярославом Стецьком. Слідом за фронтом на схід було відправлено загони ОУНівців по 7—12 осіб (усього близько 2 тис. осіб), що мали формувати українські органи самоврядування на захоплених німцями територіях.
Німеччина, однак, зовсім не була зацікавлена в незалежній Україні. Гітлер доручив Гіммлеру терміново ліквідувати «бандерівську диверсію». До Львова негайно прибула команда СД і спецгрупа гестапо. Стецька і Бандеру заарештували. Українські батальйони «Нахтіґаль» і «Роланд» було розформовано, їхніх командирів арештовано.
Нацисти кинули до концтаборів і в'язниць сотні українських борців за незалежність. Почався масовий терор. У концтаборі Освенцім були по-звірячому замучені брати Степана Бандери – Олекса і Василь. Декількома місяцями раніше органами НКВС у Львові був арештований і пізніше розстріляний і батько – Андрій Бандера. Сестер Марту й Оксану відправили на вічне поселення в Красноярський край.
Бандера пробув у таборі Заксенхаузен до кінця 1944 р.
Восени 1942 р. з партизанських загонів бандерівців,