После роспуска Думы Муромцев за подписание «Выборгского воззвания» был приговорен к 3 месяцам тюрьмы и лишению права избираться на общественные должности. Муромцев скончался от паралича сердца 3 октября 1910 г. в Москве. Его смерть вывела на улицы огромное число людей, желавших почтить память замечательного общественного деятеля. Участник тех событий историк А. А. Кизеветтер вспоминал: «Москва всколыхнулась… Лес венков и громадная толпа окружили дом перед выносом тела, и когда мы шли в похоронной процессии к университетской церкви, толпа все росла. Дошли до Театральной площади и увидели, что она запружена новой громадной толпой. После отпевания процессия двинулась к Донскому монастырю, где совершалось погребение. Уже сгустились вечерние тени, когда у могилы начались речи. При свете факелов говорились эти речи, перед толпой, наполнившей обширную, пустую тогда, поляну вновь разбитого кладбища…» Ораторы говорили о Муромцеве как о «вожде русского освободительного движения» (акад. М. М. Ковалевский), «великом гражданине земли русской» (Ф. Ф. Кокошкин). На могиле С. А. Муромцева установлен памятник работы князя Павла Трубецкого.
С. А. Муромцев ставил перед членами Общества цель «войти в тесное общение с наукой для того, чтобы достойно приступить к разработке вопросов текущего законодательства». Однако вторжение общественной инициативы в законодательную сферу строго пресекалось. Генерал-губернатор Москвы, Великий князь Сергей Александрович доносил министру внутренних дел, что в 1897 г. из 372 членов ЮО 119 – «лица, официально скомпрометированные в политическом отношении». Поводом для закрытия Общества в июле 1899 г. послужил смелый «адрес», прочитанный Муромцевым в Московском университете на торжествах по случаю 100-летнего юбилея А. С. Пушкина. В рапорте в Сенат, составленном министром просвещения Николаем Павловичем Боголеповым, сообщалось, что «адрес, истолковывавший творчество великого русского поэта в том смысле, что он освобождает личность от властной опеки, вызвал оглушительные аплодисменты, показавшие, как публика поняла этот намек». На основании того, что «оппозиционное направление» ЮО «подрывает в учащихся правильное понятие об их обязанностях и правах власти», министр распорядился