Берия, получив от Молотова санкцию на арест, приказал вызвать к нему старшего лейтенанта Хватова. Судьба Вавилова Николая Ивановича была решена!
Арест произошел тогда, когда Вавилов думал о том, что пора неудач и опалы прошла. Он это связывал с тем, что в 1940 году ему было поручено Наркомземом возглавить научную комплексную экспедицию по западным областям Белоруссии и Украины, присоединённым к СССР в 1939 году. Ученый ошибался: 6 августа, находясь в Черновцах, он был арестован.
Не знал Вавилов того, что фабрикация дела против него была начата органами НКВД РСФСР (ОГПУ) ещё с 1931 года В дело поступали донесения платных агентов НКВД. Дело пополнялось за счёт доносов платных агентов НКВД (ботаника А. К. Коля, академика И. В. Якушкина и доктора биологических наук Г. Н. Шлыкова) а также доносов других научных работников, привлечены органами спецслужб к сотрудничеству,
Не знали многие о том, что пользуясь своим высоким административным положением Т. Д. Лысенко начал расправу со своими идейными врагами.
Пользуясь поддержкой властей, Лысенко и его окружение систематически преследовали учёных-генетиков. Многие из них лишились работы и были арестованы. Самого Вавилова до поры до времени защищал от преследований его международный авторитет крупного учёного.
В постановлении на арест Вавилова было сказано, что, «продвигая заведомо враждебные теории, Вавилов ведёт борьбу против теорий и работ Лысенко, Цицина и Мичурина, имеющих решающее значение для сельского хозяйства СССР».
Начались бесконечные допросы, их было более четырехсот, во время допросов он подвергался пыткам, Вавилова доводили до состояния невменяемости, когда от бессонных ночей, от постоянных унижений и угроз любой человек терял не то что самоконтроль, а был согласен признаться в чём угодно, лишь бы выйти живым из кабинета следователя.
Старшему лейтенанту любыми средствами надо было доказать, что Н. И. Вавилов не выдающийся ученый, не гордость советской науки, не организатор отечественной агрономии, а заклятый враг Советской власти и, как таковой, должен быть уничтожен.
В конце июня 1941 года следствие затребовало характеристику на Вавилова как учёного. Экспертная комиссия специалистов, созданная Лысенко, состояла только из противников Вавилова. Такая комиссия не могла дать объективную характеристику!
9 июля 1941 года состоялось заседание Военной коллегии Верховного суда СССР, на котором рассматривалось дело в отношении Вавилова. Заседание продолжалось всего несколько минут. На суде