Следует признать, что раскопки были организованы Стеллецким не самым лучшим образом. Рабочие трудились без энтузиазма и работали, по словам Игнатия Яковлевича, «как мокрое горит, одного десятник захватил даже спящим. Невыгодно, говорят, как ни работай, выше обязательного минимума не получишь». При фиксированной и не слишком большой ставки оплаты труда другого ожидать не приходилось. Перейти же на сдельщину, как предлагал археолог, не удалось. На расчистке хода обычно работали только два-три человека, не раз раскопки без объяснения причин прекращались. Для получения инструмента, техники и даже брезентовых рукавиц приходилось каждый раз писать специальные заявки. Стеллецкий конфликтовал с десятниками, считавшими себя вправе указывать ему, где надо копать. Выяснив, что подземные галереи действительно непроходимы и врагам в Кремль не пробраться, комендант Петерсон утратил интерес к раскопкам.
В войну Стеллецкий оставался в Москве. Эвакуироваться он не стал, опасаясь, что опять, как и в гражданскую, пропадут его материалы. Ученый был награжден медалью «За оборону Москвы». В декабре 1941 года, голодный, в холодной квартире он писал в дневнике: «Проверить упоминаемый в летописи тайник, т. е. подземный ход из Беклемишевской башни к Москве-реке. Пройти из Спасской башни подземным ходом до храма Василия Блаженного, близ которого спуск в большой тоннель под Красную площадь, тоннель весьма загадочного назначения. Пройти из Никольской башни в район Китая и Белого города…».
Не исключено, что Стеллецкий еще раз обратился к Сталину в конце войны. И, вероятно, получил какой-то ответ из его секретариата, так как в обращении в Академию наук в январе 1945 года Игнатий Яковлевич писал: «Но после войны, после победы, заветный клад будет найден! Порукою в том слово Великого Сталина!» Однако Иосиф Виссарионович, пристально интересовавшийся фигурой Грозного, скорее всего, к тому времени уже утратил надежды найти Либерею и новые раскопки в Кремле не разрешил. В конце войны и в послевоенные годы его занимали уже совсем другие проблемы. И неслучайно, наверное, он так и не выпустил на экран вторую серию киноэпопеи Эйзенштейна. Миф Грозного и опричнины постепенно утрачивал свою актуальность. Великая чистка осталась позади. Масштаб репрессий уменьшился, они приобрели более точечный характер и были направлены теперь в первую очередь против «безродных космополитов». Сталина теперь больше волновала проблема преемника, а здесь пример Грозного, так и не сумевшего решить эту проблему, и Смуты, последовавшей после его смерти, мог иметь для Иосифа Виссарионовича только отрицательное значение.
Тем не менее до самой своей смерти в 1949 году Стеллецкий был уверен, что Сталин по-прежнему хочет найти Либерею, а работы по поискам библиотеки были прекращены исключительно из-за интриг его окружения. Но в Кремль археолога больше не пустили.
Тяготы войны привели к тому, что в 1943 году Стеллецкий перенес первый инсульт. В 1947 году, после второго инсульта, Игнатий