В 1912 году Стеллецкий, обследуя подвалы Арсенала, где в то время велись земляные работы, на глубине одного метра нашел кирпичный свод тайного хода, но ему не разрешили вскрыть его.
В связи с приближением 300-летнего юбилея дома Романовых археолог подал прошение на имя императора Николая II, добиваясь, чтобы ему разрешили искать в Кремле исчезнувшую царскую библиотеку. Целый год прошение ходило по инстанциям. Наконец, пришел ответ от Императорской археологической комиссии – шедевр бюрократического словотворчества: «Комиссия имеет честь уведомить Вас, милостивый государь, что проекту разыскания библиотеки Иоанна Грозного на средства Государственного казначейства не может быть дано дальнейшего движения вперед впредь до представления Вами сколько-нибудь точных предположений о месте, где могла сохраняться названная библиотека».
Но все-таки в 1914 году при помощи Московского архива Министерства юстиции Стеллецкий получил разрешение дворцового управления на осмотр подземелий Угловой Арсенальной и Тайницкой башен. 26 июля он приступает к работе, а спустя пять дней началась Первая мировая война, и раскопки пришлось прекратить. Из западных районов страны в Кремль спешно эвакуировалось имущество царских дворцов. Тут уж было не до поисков Либереи.
Когда в 1923 году после бурь гражданской войны Стеллецкий вернулся с родной Украины в Москву, то обнаружил, что его архив и библиотека пропали. Тем не менее он не отчаивался и не терял надежды найти библиотеку Ивана Грозного. Он устроился библиотекарем в Историческом музее и начал собирать материалы о подземном Кремле. Ученый обратился в ОГПУ, чтобы получить разрешение на обследование подземелий Москвы, и особенно Кремля. Чекисты ему ответили: «В Кремль мы вас не пустим, а вся Москва ваша… Мы его (Кремль) сами весь ископали». Однако и за пределами Кремля здания, занятые правительственными учреждениями, военными организациями, банками и т. п., были для Стеллецкого недоступны. Так что «вся Москва» не получилась. Но все же Игнатию Яковлевичу удалось найти подземные ходы в Сухаревой башне, расположенном в Б. Харитоньевскрм переулке Юсуповском дворце, а в бывшем замке Бирона в подвале оказались свежезаложенные арки, за которыми находился ход, предположительно выводящий в район Воробьевых гор. На месте замка сейчас – высотный дом на Котельнической набережной.
Стеллецкий читал много лекций не только в Москве, но и в других городах России, рассказывая о пещерах, подземных ходах, библиотеке Грозного. Он говорил о возможности постепенного разрушения зданий, под которыми расположены «исторические пустоты». И в дальнейшем трещины были найдены в зданиях библиотеки имени Ленина, Большого и Малого театров, «Метрополя».
Получив согласие начальника Метростроя, Стеллецкий решил создать музей «Подземная Москва». Однако метрополитен не смог выделить даже комнаты, и все экспонаты размещались