Первым усомнился в подлинности «Рукописи профессора Дабелова» историк Н.П. Лихачев
Перечень книг библиотеки московского царя произвел сильнейшее впечатление на научную общественность. Главным было то, что в списке фигурировали авторы и произведения, не только ранее широко известные («История» Тита Ливия, «Жизнь цезарей» Светония, «История» Тацита, «Энеида» Вергилия, «Югуртинская война» Саллюстия, «История» Полибия, «Комедии» Аристофана, «Песни» Пиндара), но и малоизвестные, а то и вовсе неизвестные («О республике» и 8 книг «Истории Цицерона, «Оратории и поэмы» Кальвина, «Сатиры» драматурга Сира, «Корпус» Ульпиана, Папиана и Павла, «Gynothaet» Гелиотропа и др.).
Первым усомнился в подлинности «Рукописи профессора Дабелова» историк Н.П. Лихачев. 19 марта 1893 года, выступая с докладом в Обществе любителей древней письменности о библиотеке московских царей, он обратил особое внимание на «странную забывчивость Дабелова» насчет «Записки анонима». Подозрительным выглядело то обстоятельство, что Дабелов, имея в своих руках список, так и не предал огласке его полное содержание, да к тому же ухитрился потерять оригинал, что для столь опытного архивиста было совсем уж непростительным.
В книге, вышедшей в 1895 году, Лихачев подробно разобрал «Рукопись профессора Дабелова». Он особо подчеркнул факты, ставящие под сомнения ее достоверность. Особенно подозрительным и невероятным было то, что перечень сочинений и авторов, имевшихся, согласно «Рукописи профессора Дабелова», в библиотеке московских царей, удивительно совпадал с тем, что стало известно об этих сочинениях и авторах в зарубежной научной литературе в 1822–1826 годах. Дабелов тщательно скопировал перечень книг библиотеки, вплоть до указания многоточием непрочитанных слов и даже отдельных букв оригинала, но при этом не стал копировать начало рассказа неизвестного дерптского пастора и даже ухитрился забыть его имя. Впоследствии Добелов лишь утверждал, что этот пастор был не Веттерман. «Самая забывчивость Дабелова относительно имени пастора, – заключал Лихачев, – с скептической точки зрения объясняется сложностью человека, знакомого, с какой тщательностью немцы разрабатывают свою историю: у немцев и пасторы XVI столетия могли оказаться на счету». Очевидно, Дабелов вообще сомневался, что пастор Веттерман существовал в действительности, подозревая, что Ниенштедт его просто выдумал. Создавая свою подделку, Дабелов, безусловно, ориентировался на сообщение Ниенштедта, но придумать новое имя пастора не рискнул.
Критику сообщений Дабелова и Клоссиуса относительно библиотеки Ивана Грозного продолжил известный