Маратхи создали свою независимую державу, но радоваться победам было рано. Когда Шиваджи умер в 1680 г., между его сыновьями Самбхаджи и Раджарамом вспыхнула борьба за престол, закончавшаяся кровопролитием. В 1682 г. в Махараштру вновь вторглась огромная могольская армия под руководством самого Аурангзеба. В этой войне, несмотря на свое численное превосходство, Аурангзеб не сразу начал активные действия. В течение почти двух лет он играл с маратхами, точно кошка с мышью, дожидаясь, пока тыл его укрепится. Лишь в 1684–1685 гг. он по-настоящему вступил в войну, прошел огнем и мечом по Махараштре, захватывая важные крепости, истребляя пленных и местное население. Затем, неожиданно для всех, Аурангзеб увел войска из Махараштры и бросил их сначала против Биджапура, потом Голконды. К 1687 г. оба эти государства перестали существовать. Включив их в свои владения, Аурангзеб теперь мог беспрепятственно обрушиться на маратхов, что и было сделано в 1688 г. А Самбхаджи тем временем проявлял абсолютную беспечность, то развлекаясь пирами и охотой, то участвуя в мелких и бесполезных стычках с враждебными маратхскими феодалами. Вскоре последовал вполне заслуженный финал: беспечно пировавший в одном из своих дворцов Самбхаджи был захвачен Моголами и в марте 1689 г. казнен.
Моголы захватили столицу Махараштры Райгарх, все стратегически важные крепости. Страна была залита кровью. Убежденный, что война с «горными крысами» закончилась, и независимое государство маратхов перестало существовать, Аурангзеб увел войска из Махараштры, оставив лишь гарнизоны. Но торжество падишаха было преждевременным. Маратхи оправились от страшного потрясения, и вскоре вся страна была охвачена пламенем народной партизанской войны. Младшему сыну Шиваджи, Раджараму, удалось бежать из осажденного Райгарха в Джинджи, горную крепость в Карнатаке, и укрепиться там. И хотя у него не было ни талантов, ни возможностей возглавить освободительное движение, само известие о том, что маратхский государь жив, что сын национального героя не погиб, воодушевляло сердца маратхов, которые под руководством своих полевых командиров отважно сражались против могольских захватчиков. Аурангзеб попытался захватить Джинджи, но потерпел неудачу. С 1692 г. маратхи перехватили инициативу, а обострившийся в то время кризис империи