Издательская и благотворительная деятельность московских мартинистов привлекла внимание правительственных кругов. Екатерину II пугало влияние масонов на наследника – Павла Петровича. Она отрицала мистику и аскетизм масонов, а главное, в масонской идеологии не нашлось места ей – российской императрице. По ее приказу началась проверка частных школ и типографий, находящихся под опекой масонов, а архиепископу Платону было поручено рассмотреть книги, напечатанные Н. Новиковым, а его самого «испытать» в Законе Божием.
Опасаясь дальнейших репрессивных мер, русские розенкрейцеры в 1784 г. объявили молчание, т. е. прекратили свою деятельность, хотя их печатный орган («Магазин свободнокаменщецкий») свое существование не прекращал. Русские розенкрейцеры заявляли о своем неприятии политического вольнодумства, что хорошо демонстрирует их отношение к Радищеву и его книге «Путешествие из Петербурга в Москву». Хотя эту книгу автор посвятил своему другу розенкрейцеру Кутузову (в посвящении он писал: «хотя мнения мои о многих вещах различествуют с твоими, но сердце твое бьет моему согласно и ты – мой друг!»), розенкрейцеры отрицательно оценили книгу Радищева, о чем говорят, например, письма Кутузова к кн. Трубецкому. В них он писал: «б о´льшую часть его положений касательно религии и государственного правления нашел я совершенно противоположною моей системе»; «известно вам, что я великий враг всякого возмущения и что я никогда не престану твердить, что критика настоящего правления есть не дозволительное дело и ни мало не принадлежит в литературе»259.
Хотя прочных улик об антиправительственной деятельности масонов у Екатерины II не было, она под различными предлогами уволила с государственной службы и выслала из Петербурга масонов В. И. Баженова, И. П. Елагина, Д. Г. Левицкого, Н. В. Репнина. В 1792 г. по ее приказу новиковские типографии были закрыты, а самого Н. Новикова без суда посадили в Шлиссельбургскую крепость, Трубецкого и Тургенева сослали в их имения, а Лопухина оставили в Москве под надзором полиции. После восшествия на престол Павла I масоны были прощены, однако в 1799 г. деятельность масонских лож в России была запрещена.
Особенностью мировоззрения масонов Западной Европы и России была борьба с теологией и философией просветительства. «Масоны применили против просветителей их же идеологические и организационные методы борьбы с абсолютистским государством и тоталитарной, по их мнению, культурой “официального” классицизма, точно так же сумели опереться на новую силу – общественное мнение и нарождающееся третье сословие, воспользовались стратегическими ошибками своих противников»260. Масоны не отвергают значение и силу разума, но считают, что, кроме него, для человека важнейшее, а порой приоритетное значение имеют сердце,