Важнейшим метафизическим понятием «Натурфилософии» является природное тело как субстанция, состоящая из материи и формы. В этом понятии материя – это общий и единый субстрат природных тел, источник их количественной определенности, а форма – это основание их качественного разнообразия. «Первая материя, сотворенная Богом в начале мира, не может никогда ни рождаться, ни уничтожаться, ни увеличиваться, ни уменьшаться, но сколько ее создано, столько остается и до сих пор и будет оставаться всегда»164.
Движение, согласно деистической традиции, происходит от Божественного первотолчка, но далее, считает философ, оно связано с природой: «Природа является принципом и причиной движения и покоя, то есть, когда вещи движутся, их движение обусловливает природа. Когда вещи пребывают в состоянии покоя, то их покой также обусловливает не что иное, как снова-таки природа. И поэтому, движутся тела или покоятся, их движение и покой обусловливает природа»165. Существует три вида движения: «Во-первых, движение относительно количества, которое бывает двояким – увеличением и уменьшением, во-вторых, движение относительно качества, которое называется изменением, в-третьих, движение относительно места, которое называется изменением места, или перемещением»166. У Прокоповича нет понятия «развитие». Но, по его мнению, отдельные явления и вещи в природе движутся от простого к сложному, движение осуществляется поступательно. Более того, как установил Бог, явление и вещи должны бороться между собой и взаимно друг друга уничтожать, возникать и исчезать вновь. Покоя Прокопович не отрицал, но, в отличие от Аристотеля, не признавал его абсолютным.
С движением связано пространство и время. «Каждому физическому телу, – пишет Прокопович, – с необходимостью присуще бытие в каком-то времени и пространстве. Ибо то, что не имеет бытия никогда и нигде, не существует в природе вещей. Бытие во времени и пространстве есть их наиболее общее свойство, а потому его изучение входит в общее учение о физическом теле. При этом философы познают пространство и время не ради их самих, а для более полного понимания движения»167.
В гносеологии, будучи сенсуалистом, Прокопович утверждает, что у истоков познания лежат ощущения, и главные из них – зрительные. Важную роль имеет чувственный опыт, который необходим не только для естественных наук, но и для философии, поскольку он является «учителем философии». Высоко оценивает он и разум человека, его способность самостоятельно осмысливать действительность.