Святой Антоний преставился в глубокой старости, в возрасте 105 лет. Погребали тело преподобного два его ученика, и, как указывал Афанасий Великий, «кроме их двоих никто не знает, где оно погребено». По монастырскому преданию, мощи святого Антония остались в обители, и сейчас они находятся под ступенями южной части солеи храма его имени, который был возведен вскоре после кончины святого. Эта церковь является самым древним храмом в монастыре, но снаружи он нелепо обстроен другими, более поздними строениями, которые не позволяют представить в полной мере первоначальный вид здания. Венчают храм три конусообразных купола с крестами. Внутри храм расписан коптскими фресками, много веков скрывавшимися под копотью от свечей и нагара, но недавно отреставрированными специалистами Египетского совета по древностям. Наиболее древние росписи относятся к VII–VIII вв., а более поздние к XIII в. Уникальны изображения христианских воинов-мучеников первых веков, тонко прорисованных в светлых полутонах, а в более сдержанной палитре представлены строгие пустынники, отцы-основатели монастыря.
Еще одной из древних построек монастыря является высокая башня с частью стены, возведенных при византийском императоре Юстиниане I и предназначенных для длительной обороны. Мощное сооружение, высотой более 10 м, куда вел подъемный мост, сооруженный на уровне 5 м от земли и соединяемый с другим строением, могло выдерживать длительную осаду Здесь хранились необходимые монахам запасы воды и пропитание.
Монастырь не раз подвергался осадам и разрушениям. Известно, что в конце XI в. монастырь был разрушен турками и курдами, но через сто лет он же упоминается как восстановленный.
В Средневековье ухоженность монастыря удивляла многих путеше ственников.
Сильному разорению монастырь подвергся в конце XV в., когда, по одной из версий, работавшие в обители в качестве рабочих бедуины убили монахов и завладели монастырем.
Первые европейцы посещали монастырь уже в XIII–XIV вв.
Первым русским, посетившим монастырь Преподобного Антония Великого, стал архимандрит Порфирий, изучавший коптское богослужение и совершивший паломничество по христианским святыням Египта в 1850 г., оставив подробное описание своих впечатлений.
В начале XX в. обитель уже упоминается как наиболее процветающая на Востоке, которая принимает многих паломников. В 1953 г. к монастырю была проложена автомобильная дорога, позволившая теперь за считанные часы добираться из Каира.
Обитель обладает уникальным книгохранилищем, включающим более полутора тысяч рукописных манускриптов, многие из которых еще ждут своих исследователей.
В южной части монастыря находится святой источник преподобного Антония, который бурно выбивается из расщелины горы, давая до 100 кубов воды в день. Его вода считается целебной, излечивает многие человеческие хвори и целительно действует на весь организм.
В монастыре представлена небольшая музейная экспозиция монашеского