Синайский монастырь своими молитвенными подвигами снискал уважение у многих мусульманских завоевателей, в том числе и в силу почитания ими пророка Моисея. Арабами монастырь даже освобождался от податей, и при турках-османах в XVI в. обитель также не пострадала. Хотя на территории монастыря в более поздние времена была воздвигнута мусульманская мечеть. Давал охранную грамоту монастырю и Наполеон Бонапарт во время своего Египетского похода в 1798 г.
Соборный храм монастыря, как и все византийские постройки, достаточно скромный снаружи, но величественен внутри. Уже в притворе можно с изумлением увидеть свыше десятка драгоценных икон VI–XIV вв., многие из которых выполнены в древней живописной технике – энкаустике. Они также щедро украшают и основной интерьер храма. Три нефа базилики разделены семью мраморными колоннами, с каждой стороны в которых сокрыты мощи святых мучеников. Вдоль колонн выставлен ряд так называемых стасидий, высоких кресел с откидными сидениями и подлокотниками, в которых при долгой службе можно сидя или облокотившись стоя совершать длительное молитвенное бдение. Резной кипарисовый иконостас, с большим распятием над царскими вратами, отделяет алтарь, в который встроена самая древняя часть храма, первоначальная церковь. В конце апсиды, куда можно заглянуть через специальный боковой коридор, можно увидеть и одну из древнейших на земле мозаик Преображения Господня, созданную в 534 г. С правой стороны центрального нефа расположен трон архиепископа синайского, возглавляющего автокефальную церковь, являющуюся автономной частью Иерусалимской православной церкви.
Настоятелем Синайского монастыря был когда-то препеподобный Иоанн Лествичник (526–606), создавший знаменитую «Лествицу», скрижали духовные, где описал трудный путь восхождения по ступеням добродетелей к вершинам Богопознания.
Монастырь знаменит на весь мир своим библиотечным собранием, хранящим редкие греческие, сирийские, арабские, эфиопские и многие другие древние манускрипты, в т. ч. и славянские. Здесь хранится и самая древняя греческая рукопись Евангелия, датируемая 717 г., периода царствования византийского императора Феодосия III. Книжный фонд его насчитывает еще более пяти тысяч единиц. В монастыре хранится богатейшее иконописное собрание, которое составило бы славу любому музею.
В монастыре проживает 30 греческих монахов, вместе с архиепископом, и 12 священноиноков. Надо заметить, что на территории монастыря имеется единственный источник воды в округе, так называемый колодец Моисея, позволивший в пустынном месте создать небольшой оазис, потому вокруг обители разбито несколько садовых участков.
Монастырские колокола, большинство которых привезены в качестве даров из России, звучат здесь очень редко, лишь по большим праздникам,