Комиссия решила, что шторм не мог стать причиной трагедии. Один из главных доводов – масленка на швейной машинке.
Вскоре из Нью-Йорка в Гибралтар прибыл Джеймс X. Уинчестер, владелец бригантины, и с ним капитан Хатчинс, который должен был принять командование судном, когда следствие будет закончено. Уинчестер сообщил, что обнаруженная на корабле фисгармония принадлежала миссис Бриггс, которая взяла ее с собой, чтобы развлечься во время плавания. А из двух спасательных шлюпок одна была сломана во время погрузки и ее не успели заменить, но вторая во время отплытия, несомненно, была на корабле.
Больше ничего нового установить не удалось, и 26 марта 1872 года Трибунал Морского флота постановил выдать Морхаусу награду за спасение в размере одной пятой части стоимости «Марии Целесты», включая и груз. Это составило 1700 фунтов стерлингов, которые и поделили между собой капитан и команда. Вскоре после этого «Мария Целеста» под командованием капитана Хатчинса покинула Гибралтар, направляясь в Геную, куда ей надо было доставить груз.
«Мария Целеста» была возвращена судовладельцу и продолжала плавать, хотя все время возникали трудности с набором команды. В 1885 году «Мария Целеста» погибла, и тоже при весьма загадочных обстоятельствах. В отличную погоду бригантина наскочила на подводные скалы около Гаити и затонула. Катастрофа выглядела столь необычной, что капитана обвинили в умышленной аварии для получения страховки. Однако незадолго до судебного процесса он умер.
Гибель «Марии Целесты» породила много, порой фантастических, гипотез об исчезновении экипажа судна.
Капитана Морхауса и его людей обвиняли в том, что они захватили «Марию Целесту», уничтожив весь экипаж, в надежде получить премию за якобы спасенное судно. Ходили слухи, что еще в Нью-Йорке Морхаусу удалось каким-то образом устроить на «Марию Целесту» своих матросов; те быстро завладели судном, убили людей, выбросили их за борт и в условленном заранее месте стали ждать, когда подойдет «Деи Грация».
По другой версии, владелец «Марии Целесты» подговорил матросов убить капитана Бриггса вместе с семьей и затопить судно, чтобы получить страховую премию, но матросы допустили какую-то оплошность и погибли.
Согласно одной из самых распространенных версий, в носовом трюме «Марии Целесты» взорвались пары спирта. Взрывом сорвало люковые крышки трюма. Опасаясь последующих взрывов, люди поспешно спустили шлюпку и отплыли от судна, которое каждую секунду могло превратиться в огромный факел. Взрывов больше не было, но внезапно налетевший шквал погнал бригантину прочь, лишив людей возможности вернуться на судно. Шлюпка затерялась в море и погибла.
Со временем версии стали еще более изощренными. Была высказана мысль, что испорченная пища вызвала