Разобщенными и хаотичными оказались и шаги только что реформированных союзных и республиканских наркоматов госбезопасности и внутренних дел. 22 июня нарком НКГБ В. Меркулов в директиве территориальным органам снизошел лишь до констатации факта «военных действий с Германией» и распоряжения «привести в мобилизационную готовность оперативно-чекистские аппараты и изъять разрабатываемый контрреволюционный и шпионский элемент». Наряду с государственными и уголовными преступниками, под жернова репрессий попало и немало невинных людей. Агентурно-осведомительскую сеть предписывалось мобилизовать на «своевременное вскрытие и предупреждение всех возможных вредительско-диверсионных актов в системе народного хозяйства», прежде всего на предприятиях оборонной промышленности и железнодорожного транспорта. О возможности появления агентов и диверсантов противника в советском тылу и в действующей Красной Армии речи не шло.
Призвав в очередной «совершенно секретной» директиве руководителей органов госбезопасности прифронтовых республик и областей к «соблюдению максимальной организованности, бдительности и напряжению всех сил в борьбе с врагами советского народа», нарком поставил задачу действовать в тесном контакте с командованием регулярных частей и органами внутренних дел[58], организовать «борьбу с парашютными десантами, диверсионными и бандитско-повстанческими группами».
Указание НКГБ о развертывании агентурно-оперативной работы поступило лишь 1 июля 1941 г. Разделенный на нелегальные резидентуры, штатный негласный аппарат предлагалось оставить в тылу немецких войск, обеспечив его соответствующими подложными документами, деньгами, средствами борьбы, а также явочными (конспиративными) квартирами и пунктами связи. Кроме разведывательно-контрразведывательной и диверсионной работы, резидентурам вменялась в обязанность организация партизанских отрядов и боевых групп. Заканчивался документ предупреждением: «Виновные в неисполнении настоящей директивы, проявившие трусость, малодушие, паникерство» будут арестованы и преданы суду Военного трибунала.
О задачах территориальных органов госбезопасности в противостоянии проискам диверсионно-разведывательных групп и агентуры противника, возможных в условиях войны, формах и методах их работы не упоминалось.
О реальном положении дел на невидимом фронте в начавшейся войне свидетельствует и директива ОО НКВД Северо-Западного фронта «О задачах особых органов в условиях военного