Уже в этот период начинаются разногласия среди самих сторонников перестройки. Руководящее ядро партии, сформировавшееся вокруг Горбачёва, менее чем за два года оказалось расколото на противостоящие друг другу группы. Необходимость перемен осознавали все, но понимали эти перемены по-разному.
Первый удар по авторитету М. С. Горбачёва нанёс секретарь Московского горкома партии Б. Н. Ельцин. В сентябре 1987 г. он неожиданно выступил на торжественном Пленуме ЦК КПСС, посвящённом предстоящему празднованию 70-летия Октябрьской революции с резкой речью. Б. Н. Ельцин говорил о медлительности в осуществлении перестройки, критиковал политику секретариата партии и возглавившего его Е. К. Лигачёва, а так же заявил о возникновении в партии «культа личности» М. С. Горбачёва. В заключение он заявил о своей отставке из Политбюро.
Выступление Ельцина показалось присутствующим крайне путанным и непонятным. Участники пленума единогласно его осудили. Б. Н. Ельцин был снят с поста секретаря Московского горкома. Но, как показало время, это выступление было важным политическим шагом. Видя, что экономика страны вступает в полосу потрясений, Б. Н. Ельцин обозначил свою особую позицию, отмежевавшись от М. С. Горбачёва. Тем самым, один из представителей партийной номенклатуры превратился в лидера радикальных сторонников преобразований, приобрёл ореол народного героя и борца с бюрократией.
Лидером другого направления в партии стал Е. К. Лигачёв. Он занимал пост второго секретаря КПСС, отвечал за кадровую политику партии. Лигачёв также говорил о необходимости перестройки, ратовал за борьбу с коррупцией, за наведение порядка, дисциплины, но при этом выступал за сохранение основных параметров социалистической экономики, за сохранение в руках КПСС рычагов управления страной. Даже противники Лигачёва признавали его честность, высокую нравственность, убеждённость, но объективно его позиция становилась всё более и более консервативной. Е. К. Лигачёв был одним из вдохновителей «антиалкогольной кампании», выступал в защиту социализма, против очернения исторического прошлого страны. По мере углубления преобразований он всё более и более становился в оппозицию политике М. С. Горбачёва.
Следующий этап, 1987–1988 гг.,