Отношение к церковной школе стало меняться на рубеже 1870—80-х годов, в период общественных потрясений. В 1884 году были утверждены Правила о церковно-приходских школах, выводившие их из подчинения министерства народного просвещения. Для заведования школами при Синоде учреждался Училищный совет. При духовных семинариях учреждались образцовые начальные школы. Духовному ведомству были также подчинены общинные элементарные «школы грамоты» и воскресные школы для взрослых. Предусматривалось создание одноклассных и двухклассных училищ со сроком обучения 2 и 4 года (в начале ХХ века курс был увеличен до 3 и 6 лет соответственно).
В программу обучения входили Закон Божий, церковное пение, церковно-славянское чтение, русский язык, арифметика, чистописание. В двухклассных школах преподавались также начала русской и церковной истории. Все предметы, кроме арифметики, рассматривались как развитие и дополнение Закона Божьего. Руководил обучением священник.
Несмотря на значительный рост числа школ, в их устройстве сохранялись многие недостатки. Учитывая занятость священников, руководители духовного ведомства пытались возложить преподавание на дьяконов или выпускников духовных семинарий, ожидающих принятия сана. Бюрократизированная система духовного ведомства стесняла самостоятельность священников и учителей; отсутствие приходского самоуправления не позволяло обеспечить церковные школы за счет общественных средств, в то время как казенных ассигнований явно недоставало. Качество преподавания, образовательный уровень учителей в церковных школах были ниже, чем в светских.
В связи с началом русско-японской войны 1904—1905 годов государственные ассигнования на церковную школу сократились. Количество школ стало уменьшаться. После 1917 года церковная школа была ликвидирована Постановлением Совета народных комиссаров от 24 декабря 1917 года «О передаче дела воспитания и образования из духовного ведомства в ведение народного комиссариата по просвещению».
В уездной провинции вопросами образования занимались Земства. В число мер по развитию просвещения входили создание школ и поддержка тех училищ, которые существовали ранее.
Государственная власть не помогала земским учреждениям; более того, в лице местной администрации, которая следила за земским самоуправлением, правительство часто ограничивало их деятельность. Ограничения эти в значительной мере касались школ. Земства могли содержать школу за свой счет, но не имели права составить программу обучения, контролировать и направлять процесс обучения и воспитания детей. Власти боялись допустить влияния на школу даже дворянских в большинстве своем гласных земств. В целом же расходы на школы были отнесены Положением к числу необязательных.
Среди