Керування Добромильським монастирем теж спричинило чимало нарікань. Мовляв, єзуїти порушили правила святого Василія. Крім того, унію з Римом автори листа назвали догматичною, а не дисциплінарною. Прибічникам реформи легко вдалося спростувати нападки супротивника, ще й відповісти йому тією самою монетою. Австрійський уряд більш прихильно поставився до аргументів василіан, особливо після того, як відомий священик Іван Наумович (один з тих, хто підписав петицію) став відступником і помер у схизмі. Утім, церковна влада рівня кардиналів узагалі не взяла до уваги цю суперечку, вирішивши не витрачати на неї час.
У 1883 році Роман успішно склав іспити, ставши бакалавром. Але й там не обійшлося без непорозумінь. Роман просив, щоб насамперед його запитали з релігії, бо це – найголовніший з предметів. Директор гімназії надіслав запит до міністерства освіти у Відень. Звідти відповіли, що релігію потрібно мати в душі, а не в голові, й відмовили Шептицькому в його проханні. Після отримання диплому бакалавра молодий шляхтич поїхав з матір’ю на родинне свято у Коростенко. Дорогою хлопець перебував у поганому настрої. Він поскаржився, що не бачить для себе ніякого майбутнього. «Хіба що займатимуся сільським господарством; я хотів би стати лише уніатським священиком, але тато ніколи не дозволить…» Цікаво, що після цих тужливих слів розпочалася страшенна гроза. Вона налетіла миттєво серед ясного теплого дня. І Роман, і його мати сприйняли це однаково: в житті хлопця розпочинається змагання за покликання, і воно не буде легким… Наступного дня Шептицькі проїздили повз Добромилю, де нещодавно відкрився реформований новіціят. Роман жадібно та уважно вдивлявся в монастирську вежу. Так, наче це було найголовнішим у його житті… Під час поїздки хлопець відвідав з батьком резиденцію греко-католицького митрополита. А ще за тиждень з дозволу батьків усамітнився в Старому Селі, в резиденції єзуїтів, і довго говорив з отцем Яцковським. Власне, батько молодого шляхтича нічого не знав про ті розмови з прибічником «чужого» чину. Інакше б свого дозволу на це не дав. За кілька днів, перебуваючи на самоті, Роман почув внутрішній голос. Той сказав, що він повинен стати василіанином… Обміркувавши все, Роман сказав матері: «…Я вирішив – стаю василіанином. Я напишу татові та вступлю до новіціяту».
Батько ніяк не міг зрозуміти, як це його старший син, його надія, ревний католик-«латиніст» раптом вирішив повернутися до віри своїх предків, та ще й облишити світське життя. Ян Шептицький бачив сина своїм найпершим помічником, який