До 1875 року вихованням та навчанням сина займалася його мати, Софія. Коли він навчився писати й читати, мати часто знаходила всюди в будинку цікаві клаптики паперу. На них були записані уривки молитов і власні, дитячі пояснення малим церковних таїнств. Незабаром Софія помітила, що й інші її діти без усякого втручання дорослих обзавелися вервичками, за якими щодня самі згадували таїнства Великої вервиці… Сам Роман намагався змалку обмежувати себе в солодкому – і випробовуючи себе, і караючи себе за якісь, тільки ним знані, гріхи. З восьми років він повністю відмовився від десертів. У віці дев’яти років розповів матері, що готується до того, щоб стати священиком. Тоді мати жартома зауважила, що Романові доведеться в такому разі відмовитися від їзди верхи, бо священикові це не личить. Роман дуже любив верхову їзду. Замислившись, він якийсь час мовчав, а потім спокійно сказав, що це його не зупинить. Насправді у його характері вже тоді можна було відчути справжній сталевий стрижень. Єдине, що заважало йому самому, – це дуже запальна вдача, войовничість, відвага, що межувала з відчайдушністю і нехтуванням небезпекою, певна агресивність. Недарма його власний дядько-військовий по материнській лінії рекомендував батькам племінника планувати для нього військову кар’єру. Але хлопець уперто й методично, з неймовірною для його віку послідовністю позбавлявся рис, що заважали йому на обраному шляху. Він виховував у собі любов до менших і бідних, вдячність за найменші вияви уваги до себе та до своєї думки.
У десятилітньому віці Роман вступив до гімназії ім. Франца Йосифа у Львові (яку закінчив з відзнакою). Ще за рік хлопець пішов до першого у своєму житті причастя. Воно відбулося 17 травня у Львові, у монастирській церкві отців Бернардинів. Звісно ж, ця церемонія відбулася, як уже довгий час у всіх Шептицьких, за латинським обрядом. Власне, для першого причастя хлопець був іще замалим, але мав до цього таке бажання, що переконав власну матір. Софія Шептицька порадилася з власним духівником і вирішила провести церемонію приватно.
Класичні студії в Кракові Роман проходив разом зі своїми братами Юрієм та Олександром. Жили хлопці під наглядом француза-вихователя в одного з викладачів колегії святої Анни. Що далі, то він ставав принциповішим, переконаним у власній правоті, байдужим до думок інших, якщо вони не збігалися з його власними думками, нестриманим у судженнях