Империя Тимура распалась при Тимуридах, которые следовали его политике под усиливающимся давлением кочевых узбеков из степей к северу от Сырдарьи. После узбекского завоевания региона в конце XV века он вскоре распался на отдельные узбекские ханства. Между тем враждующие князья на Руси постепенно попадали под власть Москвы. В конце XVI столетия два региона фактически поменялись местами.
Затем стали восстанавливаться государственные связи для активизации торговли между Средней Азией и Россией. По инициативе Московской компании в Лондоне миссия Энтони Дженкинсона в 1558–1559 годах осуществляла в Азии коммерческую деятельность в интересах англичан, равно как выполняла дипломатические функции по поручению русского царя Ивана IV (Грозного – 1533–1584). Дженкинсон обнаружил, что Астрахань под властью русских занималась мелкой торговлей. Он прошел в составе каравана из тысячи верблюдов от каспийских берегов до Ургенча и Бухары (вернулся тем же путем с 600 вьючными животными). Дженкинсон сообщил, что Ургенч разорен гражданскими войнами, заставившими торговцев уйти на другие рынки. Бухара, хотя и оставалась ведущим коммерческим центром Средней Азии, к тому времени могла мало что предложить искушенным европейцам, о чем и свидетельствовал Дженкинсон: «Ежегодно в город Бухару прибывает много купцов, которые следуют в составе больших караванов из соседних стран, таких как Индия, Персия, Балх, Россия и многих других, а временами приходят из Китая… Но эти купцы столь бедны и привозят столь малое количество товаров, тратя два или три года на их продажу, что не остается надежды на приличную торговлю, достойную, чтобы ею заниматься».
Как и пять веков прежде, русские торговцы доставляли в Азию кожи, сукно, деревянные суда, овчину и другие товары. По наблюдениям Дженкинсона, они получали взамен старую хлопковую ткань, шелк и красители, а также товары, как правило привозимые в Бухару из Индии или Персии. Для России гораздо важнее торговли была, видимо, помощь, которую Дженкинсон оказал становлению отношений Средней Азии и России, – доставка в Москву представителей Хивы, Бухары и Балха. Он также выкупил и вернул царю 25 русских, обращенных в рабов. Оба этих поступка, несомненно имевшие для Дженкинсона, как делового человека, второстепенное значение, способствовали упрочению контактов между властями Средней Азии и России.
Основные изменения в экономических связях происходили в XVI веке в результате овладения Россией главными промежуточными торговыми плацдармами между Казанью, Астраханью и Сибирью. Вскоре после того, как эти плацдармы перешли в русское владение, азиатские купцы вновь их заполонили, торгуя на местных базарах. Но в первой половине XVII столетия, как и в XIII веке, во время монгольского нашествия, на этот раз вбили клин между Россией и Средней Азией калмыки, что особенно