Но, несмотря на боевой дух хивинцев и кокандцев, превосходство русских в вооружении, организации и, вероятно, в физической подготовке постепенно склонило военное противостояние в пользу царя. Например, через год после победы Батыра-Басы русские войска со второй попытки взяли 28 июля 1853 года крепость в Акмешите, пользуясь преимуществом в численности в соотношении десять к одному и только после того, как были убиты ее комендант Мухаммад Вали и 230 из 300 защитников в течение четырех недель жестокого сражения. В этом повторном сражении русские войска под командованием генерала Перовского имели 17 орудий и были поддержаны огнем с парового катера «Перовский», пришвартовавшегося у берега реки. Но и они потеряли 164 солдат и офицеров убитыми или ранеными.
После падения Акмешита Коканд продолжал оказывать сопротивление наступлению русских, в то время как в степях после гибели Кенесары Касымова Младший казахский жуз возглавил Есет Котибарулы. Казахами в нижнем течении Сырдарьи предводительствовал Жанкожа Нурмухамедулы (погиб в 1860 г.), который после запрета соплеменникам снабжать верблюдами русские войска, наступавшие в 1853 году на Акмешит, снова вступил в открытый вооруженный конфликт с ними и их казахскими марионетками. Есет Котибарулы восстановил связи с Хивой на западе, а русские войска снова повели наступление на восточном фронте на кокандские укрепления, захватив в конце августа 1860 года Токмак и после массированного орудийного обстрела 3 сентября 1860 года – Пишпек. Затем эти города были сданы, но царские отряды вновь овладели ими в 1862 году. Среди азиатских пленников, взятых в Пишпеке, как и в Дин-Кургане в 1862 году, было несколько русских дезертиров. Яны-Курган пал в сентябре 1861 года, Аулие-Ата – 4 июня 1864 года, а город Туркестан – 12 июня 1864 года в ходе продвижения русских с целью установить новую границу между оккупированной и свободной азиатской территориями.
К середине 1864 года Коканду удалось, хотя и запоздало, изменить характер боев с русскими войсками, приобретя орудия лучшего качества и освоив применение