Поступив в Тюбингенскую академию, Кеплер, по его собственным словам, стремился сделаться богословом, чтобы послужить великому делу обновления христианства. Он ревностно занимался богословскими предметами, хотя живая и любознательная природа нередко отвлекала его от этого. Но уже и в богословских своих занятиях он быстро обнаружил глубокую оригинальность, энтузиазм и свою поэтическую натуру, что выявилось в большой поэме «О вездесущии тела Христова», написанной им латинскими стихами, показавшими в авторе, по мнению знатоков, большой литературный талант. Как уже сказано, в Тюбингене главнейшим предметом студенческих занятий считалось богословие, а все другое являлось подчиненным ему. Разного рода диспуты, коллоквиумы и сочинения преследовали одни лишь богословские цели. При некоторой свободе, какую предоставляло человеческому уму лютеранство, Кеплер находил для себя пищу и в богословии. Он очень часто вступал в богословские споры, стремясь давать новое толкование местам Св. Писания, и писал сочинения в том же роде, горячо отстаивая свои взгляды. Но ко времени Кеплера в лютеранстве выработалась уже известная ортодоксия, поэтому направление Кеплера не могло нравиться правоверным протестантам, и на его мнения мало-помалу начали смотреть как на ересь. Вскоре начальство пришло к убеждению, что Кеплер человек беспокойный и далеко не обладает качествами, необходимыми для хорошего богослова. С этого времени отношение к нему изменилось, и Кеплер ясно понял, что доступ к высшим духовным должностям будет для него закрыт навсегда и что ему предстоит быть деревенским пастором где-нибудь в глуши, без всякой надежды на перемену судьбы.
Вероятно, эта несправедливость сильно задела самолюбие юноши и послужила одною из причин того, что он решил оставить богословскую карьеру и искать иной. Это стоило ему, однако, немалой внутренней борьбы, что видно из одного письма его к Мэстлину. «Я хотел быть богословом, – пишет он, – и долго оставался в мучительном раздумье, но наконец решил, что при усердии я могу прославить Бога и в астрономии, если только