Финны были вынуждены в одиночку противостоять СССР в «зимней» войне, а с эстонских баз на финские коммуникации выходили подводные лодки РККФ. В 1940 году Эстония стала республикой в составе Советского Союза. Подводные лодки «Кал ев» и «Лембит», сохранив свои прежние названия, подняв советский Военно-морской флаг, вошли в состав КБФ.
Оба подводных минных заградителя приняли участие в Великой Отечественной войне.
«Калев» пропал без вести во втором походе. Точное время, место и обстоятельства его гибели до сих пор не установлены. Судьба «Лембита» более благосклонна – провоевав всю войну, подводная лодка «Лембит» совершила семь Боевых походов, 6 марта 1945 года минный заградитель был награжден орденом Красного Знамени. В канун 40-летия Победы подводная лодка «Лембит» была установлена в Таллинне в качестве мемориала и филиала музея Дважды Краснознаменного Балтийского флота. В годы развала СССР и всеобщего хаоса «Лембит» был захвачен отрядами эстонских националистов и после «вывода» российских войск остался в Эстонии.
Говоря об иностранных подводных лодках, вступивших в состав РККФ до начала Великой Отечественной войны хочется отметить один из несостоявшихся трофеев советского флота. Это польская подводная лодка «Orzel» («Орёл»), построенная в Голландии и вступившая в состав польского флота незадолго до начала войны.
1 сентября 1939 года Германия напала на Польшу. С началом боевых действий польские подводные лодки, среди которых была и «Orzel» под командованием командор – поручника Х.Клочковского, вышли в море. 5 сентября подводная лодка «Orzel» был атакована германскими кораблями и авиацией, получила повреждения. Польские подводники приняли решение зайти в один из нейтральных портов, и 14 сентября 1939 года подводная лодка ошвартовалась в Таллинне. Эстонские власти, не желая осложнения с Германией, объявили об интернировании подводной лодки. 16 сентября с подводной лодки «Орел» был выгружен артиллерийский боезапас и часть торпед, сняты орудийные замки, изъяты морские карты. Ошибкой эстонцев стало то, что с «Орла» не успели откачать топливо, чем воспользовались поляки: в ночь на 18 сентября, выведя из строя портовое электрооборудование и пленив охрану, подводная лодка покинула порт. Только 12 октября 1939 года «Орёл» форсировал Датские проливы и вскоре под охраной эсминца «Valorous» прибыл в Англию.
После ремонта «Orzel» в составе 2-й флотилии подводных лодок Британского флота принимал участие в боевых действиях и пропал без вести со всем экипажем (60 поляков, 3 англичанина) в конце мая 1940 года. Интернирование подводной лодки «Орел» в Эстонии повлекло бы за собой контроль над ней СССР после вхождения республики в состав Советского Союза, который не упустил бы случая