Оставшиеся в Наркомате внутренних дел Главки, Управления и Отделы, претерпевшие незначительные изменения, продолжали выполнять свои прежние задачи. В мае было выделено в самостоятельное подразделение Главное управление войск НКВД по охране тыла Действующей Красной армии (ДКА), а ровно через два года после начала войны появился Отдел по борьбе с детской беспризорностью и безнадзорностью. Неразумное стремление завоевать мировое господство военными средствами привело к неисчислимым страданиям миллионов самых незащищённых граждан страны – детей, потерявших родителей и кров, жестоко разбросанных по дорогам войны на произвол судьбы. Теперь следовало выявить всех беспризорников и принять меры к размещению их в детские дома, определить на учёбу или трудоустроить. Необходимым являлось налаживание справочной службы, обеспечивавшей розыск детей родителями. Требовалось также усилить репрессивные меры к подстрекателям детей на совершение преступлений.
В условиях войны НКВД СССР оставался одним из важнейших строительных ведомств. Однако объёмы и структура капитальных работ значительно изменились. По сравнению с довоенным производством к 1943 году доля капитального строительства снизилась до минимального уровня. Уменьшилось железнодорожное, шоссейное и особенно гидротехническое строительство. В то же время возросло участие наркомата в возведении и обслуживании предприятий чёрной и цветной металлургии, топливной промышленности, а также в сооружении аэродромов. Вместе с тем золотодобывающий Дальстрой, несмотря на все трудности, продолжал поддерживать своё производство на высоком уровне, выполняя государственные задания. Благодаря «концентрации работ на лучших месторождениях золота и олова и обеспечению этих работ материалами и оборудованием» удалось годовой план 1942 года по добыче металлов выполнить досрочно. План на 1943 год устанавливался такой же напряжённый: 70 тонн золота и 4000 тонн олова. Кроме того, следовало добыть 60 тонн вольфрамовых концентратов и 350 тысяч тонн угля. Для отправки этих богатств на материк и доставки необходимых для жизнедеятельности края продуктов, лесоматериалов, оборудования и жидкого топлива требовалось своим флотом за короткую навигацию перевезти огромное количество грузов. Только из Америки в бухту Нагаево следовало переправить 75 тысяч тонн сухогрузов, поставлявшихся по ленд-лизу.
19 апреля 1943 года Президиум Верховного Совета СССР принял указ «О мерах наказания для немецко-фашистских злодеев, шпионов и изменников Родины и их пособников», в соответствии с которым при Воркутинском, Норильском и Севвостлагере (Дальстрой) были организованы отделения каторжных работ на 10 000 человек каждое. Для больных и нетрудоспособных сделали отделение при Карлаге (Карагандинском ИТЛ) НКВД. В соответствии с Инструкцией о порядке содержания такого контингента, осуждённых к каторжным работам полагалось размещать «отдельно от остальных в особых бараках с решётками на окнах», которые «находятся