Серьёзный кризис с началом войны постиг золотодобывающий Дальстрой, производство которого не представлялось возможным останавливать. В 1941 и 1942 годах из Севвостлага освобождали почти по 30 тысяч человек, отправлявшихся в основном в действующую армию. Взамен прислали чуть больше 12 тысяч новых заключённых. Поставки всех видов снабжения, включая продовольствие, значительно сократились. В результате в полярной тундре за эти два года умерло более 30 тысяч заключённых. В таких условиях выполнение планов по добыче золота и олова явилось чрезвычайно трудным делом. Однако, несмотря на все невзгоды, поставки по золоту удалось сохранить на достаточно высоком уровне, а извлечение олова даже увеличить. Положение спасло то обстоятельство, что, начиная с 1942 года, этот северный край во многом стал снабжаться за счёт поставок по ленд-лизу из Соединенных Штатов Америки. Пароходами Дальстроя от нашего союзника по антигитлеровской коалиции завезли через только что отстроенный порт в Находке бульдозеры, взрывчатые вещества, жидкое топливо и часть продовольствия [47].
В связи с большими потерями на фронте необходимо было изыскивать людские резервы для Красной армии. С конца 1941 года в составе Наркомата внутренних дел появились спецлагеря, позднее названные Проверочно-фильтрационными (ПФЛ). Они предназначались для содержания лиц, проходивших проверку после пребывания на оккупированной немцами территории. По данным ГУЛАГа, через сеть этих лагерей к 1945 году прошли около одного миллиона человек, из них от 7 до 10 процентов были арестованы как пособники врагу или завербованные немецкой разведкой.
Другим источником для пополнения рядов Красной армии явились спецпереселенцы. 28 февраля 1942 года заместитель начальника ГУЛАГа Завгородний Г.С. направил на имя заместителя наркома Круглова С.Н. докладную записку, в которой сообщал «о состоянии трудовой ссылки по данным ОТСП (Отдела трудовых и специальных поселений) ГУЛАГ на 1 января 1942 года». В документе напоминалось, что трудовая ссылка была организована НКВД (точнее было бы указать – ОГПУ. – Ю.Б.) СССР в 1930 году по указанию правительства в плане проведения мероприятий «по укреплению социалистического переустройства сельского хозяйства в районах сплошной коллективизации и по борьбе с кулачеством». На указанный момент в трудссылке находилось 265 692 семей, насчитывавших 936 547 человек. Из них 272 473 составляли мужчины, 285197 – женщины. В семьях имелось 73 280 подростков от 14 до 16 лет и 305 597 детей до 14 лет. Из этих данных можно сделать вывод, что репрессированные трудовые крестьяне, представлявшие собой в основном бывших кулаков, выселенных из районов сплошной коллективизации, «саботажников хлебозаготовок», неблагонадёжный «городской элемент», переселённый «в связи с паспортизацией» из Москвы, Ленинграда и «других