Уже в сентябре 1990 г., на втором этапе съезда новообразованная структура вступила в противоречие с решениями XXVIII съезда КПСС, заявив о приверженности «социалистическим ориентирам перестройки». 6 августа 1991 г. Полозков потерял пост первого секретаря, через два дня его сменил Купцов.
КП РСФСР не имела своей программы, устава, являлась составной частью КПСС, не проходила процедуру государственной регистрации в качестве политической партии, не обладала правами юридического лица.
Самый драматичный момент истории Компартии России был связан с тем, что она поддержала ГКЧП в августе 1991 г. В ответ Президент РСФСР Б.Н. Ельцин приостановил24, а 6 ноября запретил партию25. Таким образом, речь шла не просто о потере рычагов власти и уходе в оппозицию, но, более того, в нелегальную оппозицию.
Развал Советского Союза, резкое снижение уровня достатка граждан, многократный рост цен, закрытие предприятий – эти факторы ударили по уровню доверия к «молодой демократии».
После запрета коммунисты начали борьбу за возможность восстановления и образование коммунистической партии в постсоветской России. Такая деятельность проходила в двух плоскостях. Первая – организационно-массовая. Основные усилия состояли в создании «временных» коммунистических структур, которые играли роль аккумулятора партийного актива, пока работа прежней Компартии была под запретом. Коммунисты включаются в работу различного рода левых и патриотических коалиций. Вторая – юридическая. Она заключалась в инициировании разбирательства в Конституционном Суде РФ с целью реанимации партии.
Запрет КПСС отнюдь не означал, что выразители коммунистической идеологии были деморализованы. В дополнение к прежним (Объединённый фронт трудящихся РСФСР, Социалистическая партия трудящихся и др.) формируются новые организации коммунистической ориентации – Всесоюзная коммунистическая партия большевиков (Н.А. Андреева), Российская коммунистическая рабочая партия (В.А. Тюлькин и др.), Российская партия коммунистов (А.В. Крючков), «Союз коммунистов» (А.А. Пригарин), движение «Трудовая Россия» (В.И. Анпилов) и т. д.
Курс, всё более рассматриваемый в качестве антигосударственного, вёл к консолидации антиельцинских сил. Объединительные движения и структуры (Фронт национального спасения, Русский национальный собор) проправительственные комментаторы называли «красно-коричневыми»