В сложившейся ситуации коммунисты и аграрии заявили об отказе от оставленных им комитетов. По поводу Председателя Госдумы Зюганов заявил: «Не может коммунист возглавлять Государственную Думу, которая проводит оголтелый антинародный курс. Это для него политическая смерть. Я уверен, что Геннадий Селезнёв, как человек принципиальный, ответственный, примет мужественное решение»131.
Тактика КПРФ в Государственной Думе третьего созыва во взаимоотношениях с лояльными Кремлю объединениями не отличалась продуманностью. Глубокие расхождения между коммунистами и центристами были для обеих сторон очевидными ещё до заключения коалиции в январе 2000 г.
В отличие от представителей «Единства», чьи мандаты в Думе подкреплялись административным ресурсом сначала премьера, а позже Президента РФ Путина, Компартия могла рассчитывать лишь на свои собственные силы, задействовав опыт политической деятельности, идеологию, разветвлённость партийной структуры, широкую электоральную поддержку, «красный пояс» (глав регионов, избранных при поддержке КПРФ) и т. д. Это и определяло распределение ролей в союзе.
Участие Компартии в альянсе осуществлялось в реальности на правах младшего и зависимого партнёра по коалиции. Вступив в переговоры с представителями «Единства» в январе 2000 г., КПРФ совершила стратегический просчёт. Внешний «успех» КПРФ в нижней палате парламента стал потерей времени, которое могло быть использовано для повышения авторитета в российском обществе, а не для борьбы внутри Думы, которая отвлекала основные силы Компартии.
Занятие членами фракции КПРФ ряда руководящих должностей действовало на партию расслабляющим образом, путало ориентиры в сложившейся в тот период времени политической обстановке.
Спад влияния (апрель 2002 г. – декабрь 2003 г.)
Коммунисты Г. Селезнёв, С. Горячева и Н. Губенко отказались подчиниться партийному решению, после чего были исключены из КПРФ.
В СМИ проводилась кампания по дискредитации КПРФ. Особо следует выделить телепрограммы А.В. Караулова. Происходило снижение авторитета партии.
14 сентября 2002 г. в г. Краснодаре состоялось заседание инициативной группы граждан по референдуму, организованной коммунистами. Его участники сформулировали четыре вопроса для всероссийского плебисцита: запрет купли-продажи земли, кроме приусадебных участков; ограничение размера оплаты коммунальных услуг и электроэнергии 10 % от совокупного дохода семьи; доведение минимальной зарплаты и пенсии до уровня прожиточного минимума; национализация недр, топливно-энергетического комплекса, ВПК, лесов, водоёмов и других стратегических ресурсов132.
18 сентября Дума приняла в первом чтении поправку, внесённую группой центристов и демократов, по фактическому дезавуированию акции КПРФ путём введения временного ограничения для инициирования референдума.
Ширилось противостояние внутри НПСР между сторонниками Г. Зюганова