Председателем палаты был избран выдвиженец КПРФ Г.Н. Селезнёв. В Госдуме второго созыва фракция коммунистов контролировала девять комитетов и Мандатную комиссию, их союзникам по Аграрной группе и депутатской группе «Народовластие» принадлежало ещё пять комитетов83.
Зимой-весной 1996 г. фракция «Яблоко» из-за несогласия с военными действиями в Чечне предлагала выразить вотум недоверия кабинету министров, но не получила поддержки от КПРФ.
Стартовала подготовка к намеченным на лето 1996 г. президентским выборам. Инициативная группа граждан под началом движения «Духовное наследие» (лидер – А.И. Подберёзкин) выдвинула Г. Зюганова на пост главы государства. 15 февраля IV Всероссийская конференция Компартии поддержала данное решение. Был образован Блок народно-патриотических сил вокруг претендента от КПРФ.
4 марта Зюганов был зарегистрирован кандидатом на пост Президента.
15 марта Госдума с подачи коммунистов и их сподвижников приняла постановление об отмене Беловежских соглашений и углублении интеграции народов бывшего СССР. Постановление по подобному вопросу не влекло за собой последствий. Оно было политической демонстрацией, а сами авторы поясняли, что лишь хотели открыть путь для добровольного объединения стран, входивших в состав Союза84.
Избирательная кампания велась с привлечением значительного арсенала сил и средств как со стороны сторонников Б. Ельцина, так и со стороны команды Г. Зюганова. Совершались поездки по стране, проводились митинги и демонстрации. Коммунисты позднее будут ссылаться на ограниченность своих возможностей из-за узкого доступа к телевидению.
По итогам голосования 16 июня победитель выборов не был определён – Б. Ельцин (35,28 %), Г. Зюганов (32,04 %)85. Перед вторым туром на сторону действовавшего Президента перешёл кандидат А.И. Лебедь, занявший третье место (14,7 %). Во втором туре 3 июля Г. Зюганов проиграл Б. Ельцину (40,31 % и 53,82 % соответственно)86. По завершении подсчёта бюллетеней Г. Зюганов поздравил Б. Ельцина с победой.
Неудача стала ударом по наступательному, решительному образу Компартии. Версия о том, что Г. Зюганов одержал победу и отказался от власти, глубоко укоренилась. Она стала аргументом в пользу непоследовательности действий партии, её соглашательского характера.
«Проблема 1996 года» – один из ключевых факторов дальнейшего падения авторитета лидера КПРФ Г. Зюганова, а затем и самой партии. Были поставлены под сомнение искренность коммунистов, желание брать ответственность за судьбу страны.
Стабилизация и новое наступление (июль 1996 г. – декабрь 1999 г.)
В августе 1996 г. была осуществлена институализация коалиции, поддержавшей Зюганова на президентских выборах, и сформирован Народно-патриотический союз России (НПСР) под его председательством.