Похвала Сената воодушевила Крылова на новые бесчинства – он отстранил от должности и взял под стражу Вульфа и «сам вступил в правление вице-губернаторской должности и тем узаконенную власть похитил». Вульф, однако, изыскал способ известить о случившемся в столицу, и императрица Елизавета Петровна велела расследовать подвиги Крылова. Сенат даже лишил его чинов, но Глебов и на этот раз выручил следователя из беды, замяв дело.
Петр III пожаловал Глебова генерал-прокурором, и, следовательно, его положение усилилось настолько, что иркутские купцы не осмелились подать новую жалобу. Должность генерал-прокурора Глебов сохранил и при Екатерине II. Многочисленные записки императрицы к генерал-прокурору свидетельствуют о том, что этот нечистоплотный человек вплоть до конца 1763 года пользовался ее полным доверием. Саксонский посланник граф Брюль, видимо, точно подметил одну деталь в поведении Глебова: он умел нравиться. Приведем полностью слова посланника: Глебов «человек с головою, следуя общему стремлению, умеет нравиться, пользуется большим влиянием, вследствие должности, занимаемой им при Сенате, дающей ему почти всемогущество в делах внутреннего управления».
Лишь новое расследование дела убедило императрицу в том, что служебное рвение Глебова наносит ущерб ее престижу и урон трону, и она отстранила его от должности. Уволенный Глебов 20 февраля 1764 года подал императрице письмо, претендующее на исповедь. В нем Глебов поведал, как он по совету П. И. Шувалова женился на вдове Чоглоковой, как он терпел нужду в деньгах, побудившую его заняться откупами. Однако в письме ни слова не говорилось о том, что он покрывал преступления Крылова и что ради своекорыстных интересов попирал законы. Екатерина оставила послание без ответа, ибо не обнаружила в нем раскаяния за содеянное. Это видно из ее «Наставления» назначенному вместо Глебова генерал-прокурору князю Александру Алексеевичу Вяземскому, которое начинается фразами, осуждающими Глебова: «Прежнее худое поведение, корыстолюбие и лихоимство и худая вследствие сих свойств репутация, недовольно чистосердечия и искренности против меня нынешнего генерал-прокурора,