20 августа 1945 г., спустя 14 дней после атомной бомбардировки Хиросимы, Берия стал председателем Специального комитета при Совете Министров СССР, а к декабрю того же года он уже окончательно сложил с себя обязанности наркома внутренних дел.
По указанию Берии все учёные, задействованные в атомном проекте, были обеспечены хорошим жильём, дачами, специальным питанием и медицинской помощью, пользовались спецмагазинами. Отныне их личные дела хранились в секретариате Берии под его строгим контролем, будучи, наряду с атомными секретами, недоступными для спецслужб.
Доказательством того, что Лаврентий Берия не на словах, а на деле оградил учёных от НКВД, служит следующий случай. В начале 1944 г. поступил донос на младшего брата учёного-физика И.К. Кикоина – А.К. Кикоина, тоже видного физика. Тот якобы «засомневался в мудрости» политического руководства страны в разговоре со своим коллегой. После того, как информация об этом дошла до Берии, вместо наказания старшему брату было рекомендовано воздействовать на младшего, чтобы впредь избежать таких прецедентов.
«Я был удивлён, – вспоминает Судоплатов, – что на следующий день Берия появился в лаборатории у Кикоина, чтобы окончательно развеять его опасения относительно брата. Он собрал всю тройку – Курчатова, Алиханова, Кикоина – и сказал в моем присутствии, что генерал Судоплатов придан им для того, чтобы оказывать полное содействие и помощь в работе; что они пользуются абсолютным доверием товарища Сталина и его личным. Вся информация, которая предоставляется им, должна помочь в выполнении задания советского правительства. Берия повторил: нет никаких причин волноваться за судьбу своих родственников или людей, которым они доверяют, – им гарантирована абсолютная безопасность. Учёным будут созданы такие жизненные условия, которые дадут возможность сконцентрироваться только на решении вопросов, имеющих стратегически важное значение для государства»[168].
По воспоминаниям академика Ю.Н. Харитона и Ю.Н. Смирнова, (изложенных в их совместной статье «Мифы и реальность советского атомного проекта»): «С переходом атомного проекта в руки Берии ситуация кардинально изменилась.