Естественно, эта структура не оставалась неизменной. Нараставший политический кризис, все сильнее ощущавшийся на разных общественных и политических уровнях с конца XIX века, заставлял, в том числе, искать административные решения по улучшению дела политического контроля и сыска. Если до 1902 года действовало лишь три Охранных отделения (в Санкт-Петербурге, Москве и Варшаве), то к 1907‑му их стало 25, а вскоре появилось еще шесть. Было создано и восемь районных охранных отделений, представлявших собой промежуточное звено между Департаментом полиции и губернскими охранными отделениями. Однако соперничество и трения между параллельными бюрократическими структурами (губернские жандармские управления и охранные отделения) привели к тому, что в 1913 году по предложению нового товарища министра внутренних дел В. Ф. Джунковского началась ликвидация Охранных отделений, объединение их штатов с губернскими жандармскими управлениями. Остались лишь Петербургское, Московское и Варшавское отделения, а Донское и Николаевское стали розыскными пунктами. Из районных Охранных отделений сохранились лишь Туркестанское, Кавказское и Восточно-Сибирское. Особым подразделением Департамента полиции была заграничная агентура, подчинявшаяся непосредственно директору департамента70.
Для внешнего наблюдения за «неблагонадежными элементами» в 1894 году при Московском охранном отделении был создан «летучий филерский отряд» в количестве 30 человек. К 1901 году его численность выросла до 50 человек. По указанию Департамента полиции его сотрудники выезжали в различные губернии для наблюдения за «революционным элементом». В 1902‑м после создания ряда розыскных пунктов летучий отряд при Московском охранном отделении был расформирован, основная часть его личного