Судебная контрреформа в первую очередь коснулась тех норм судебных уставов 20 ноября 1864 года, которые устанавливали порядок расследования и рассмотрения государственных преступлений. Одним из важнейших элементов судебной контрреформы в этой области стал закон 8 апреля 1879 года о передаче государственных преступлений и особо опасных преступлений, направленных против порядка управления – военным судам. По этому закону рассмотрение и решение их должно было осуществляться в военно – окружных судах или во временных военных судах, создаваемых каждый раз по указанию губернаторов из штаб – офицеров войск, расположенных в том военном округе, где производился суд. Этот же закон вносил существенные изменения и в порядок судопроизводства, ограничивая права подсудимых. Но ещё более широкие полномочия получали административные органы в местностях, объявленных на положении чрезвычайной охраны. Статья 26 предоставляла Главноначальствующему «право изъятия из общей подсудности дел об известного рода преступлениях и проступках» не только с передачей их к производству военного суда, но и с подчинением их административным решениям в пределах карательной власти, предоставленной ему на основании этой статьи. Он мог подвергать в административном порядке заключению в тюрьму на 3 месяца или аресту на тот же срок, или денежному штрафу на 3000 рублей за нарушение обязательных постановлений. Получение административными органами права рассмотрения дел, которые, вместе с судебными уставами, должны были разрешаться исключительно в судебных местах, означало существенное нарушение принципа независимости суда458.
В 1893 году с разрешения царя значительная часть уголовных дел, связанных с горским населением, была изъята из общегражданских судебных уставов и передавалась на рассмотрение военным судам. В этом же году на Терскую область были распространены правила об административной высылке в Восточную Сибирь лиц из горского населения, обвиняемых или подозреваемых в краже лошадей и скота, а также другого имущества. В 1892 году была подтверждена статья 26 «Учреждения Управления Кавказского края» об административной высылке лиц горского происхождения за проступки до 5 лет в пределах области и за пределы Кавказского края459. На основании Высочайших повелений, последовавших 29 июля 1891 года и 25 января 1893 года, обвиняемые в вооружённом нападении на пассажиров и служащих железных дорог Кавказского края предавались военному суду для осуждения по законам военного времени, в случае, если преступление сопровождалось убийством, покушением на убийство, нанесением ран, увечий, разбоем, грабежом или поджогом. По ходатайству Главноначальствующего гражданской частью на Кавказе такая мера стала применяться не только к железным дорогам, но и к остальным местностям. Хотя данная мера и была принята как временная, действовала она на Кавказе довольно долго460. Н.С. Чхеидзе обличал царизм в несправедливом отношении к горцам. На заседании III