Следует заметить, что такая система имперского командования прямо исходила из практики поздней республики и ничем не обязана методам ранней республики. Контроль сенаторами армии и флота через послушных магистратов и промагистратов улетучился в результате конфликтов отдельных лиц, стремящихся к власти, и Август отнюдь не замышлял воссоздавать его, хотя бы и для вида. Он назначил Агриппу и других командовать флотом и обслуживать его интересы во время гражданских войн. Даже после 13 января 27 года до н. э., когда была восстановлена республика, флот, как и армия, оставался в его распоряжении, хотя тут же надо добавить, что обе эти силы рассматривались как вооруженные силы государства. Во время империи каждый префект флота, как и каждый легат легиона, был наместником императора. Он назначался непосредственно императором по собственной заявке и служил в свое удовольствие.[99] Юрист может обосновать власть префекта только как передачу ему imperium proconsulare (проконсульской власти).[100] Ответственность, переданная по случаю префекту декретом сената, принадлежала ему исключительно благодаря этому делегированию власти. Поэтому префект, естественно, был подотчетен только императору за свое командование и получал приказы только от него или его представителей.
Изменение курса, которое произвело адмиралов флота, сопутствовало изменившейся природе должности, ибо республиканская политика назначения сенаторов для командования флотами фактически кончается М. Титом, префектом флота Антония в Эгейском море около 35–32 гг. до н. э.[101] В империи появляется лишь один сенаторский адмирал в лице Марция Агриппы, назначенного Каракаллой командовать итальянским флотом на время восточной кампании 214–217 годов.[102] Иными словами, прецедент, когда М. Випсаний Агриппа, член сословия всадников, принял на себя командование флотом, чтобы покарать Секста Помпея, остался непоколебленным. Независимо оттого, что Август поощрял привлечение на службу всадников во время имперского правления, определенное опасение по поводу назначения сенаторов, с их родовитостью и независимостью, на военные должности заставляло его ставить во главе флота людей, чьи звания и честь зависели только от него. Точно так же он ставил всадников командирами vigiles, городских когорт, и преторианских когорт. Со своей стороны сенаторы, вероятно, не очень желали служить во флоте. Земельная аристократия Италии не любила море, а чины во вновь образованном флоте были небольшими, как минимум на время.
При Августе и Тиберии эти префекты флота из всадников привлекались непосредственно из армии, ибо еще не были разработаны схемы повышения в должности, которые позднее связали военные и гражданские должности всадников в единую иерархию. Обычно префект служил в качестве трибуна легиона (angusticlavius), а затем в качестве префекта вспомогательного кавалерийского эскадрона. Однако praefectura castrorum (начальство лагеря) дважды заменялась на кавалерийскую должность, а временами трибун легиона становился сразу и префектом флота.