Госпожа д’Эпине насмешливо относилась к любви уже немолодого Руссо к графине д’Удето. Сен-Ламбер был извещён анонимным письмом и вернулся из армии. Руссо заподозрил в разглашении госпожу д’Эпине и написал ей оскорбительное письмо. Она его простила.
За этим первым столкновением последовал полный разрыв с «философами» и с кружком энциклопедистов. Госпожа д’Эпине, отправляясь в Женеву на совещание со знаменитым врачом, предложила Руссо сопроводить её. Руссо отказался. Когда Дидро стал настаивать на поездке, упрекая его в неблагодарности, Руссо заподозрил, что его хотят осрамить, представив в роли лакея д’Эпине.
Руссо нашёл новый приют у герцога Люксембургского, владельца замка Монморанси, предоставившего ему павильон в своём парке на севере от Парижа. Здесь Жан-Жак провёл 4 года и написал «Новую Элоизу» и «Эмиля». Читая произведения своим любезным хозяевам, он в то же время оскорблял их подозрениями в неискренности и заявлял, что презирает их высокое общественное положение.
В 1761 году в печати появилась «Новая Элоиза», весной следующего года – «Эмиль», а несколько недель спустя – «Общественный договор».
«Новая Элоиза» – роман о любви учителя к его ученице. Этот роман в письмах добился такого успеха, какого не имело ни одно другое произведение французской литературы XVIII века. Pуссо создал тип «прекрасной души», по природе добродетельной, не запятнанной грехом и не нуждающейся в благодати Божией. У Элоизы пречистое сердце – она всегда и во всём руководствуется исключительно чувством. Разум и воля ей не нужны.
«Эмиль» – трактат об образовании в соответствии с «естественными» принципами. «Эмиль» мог рассматриваться властями как безвредный, если бы не содержал «Исповеди савойского викария», устанавливающей принципы естественной религии, как их понимал Руссо, и не раздражал католиков и протестантов. В «Эмиле» Руссо излагает свою «религию сердца», критикует атеизм и материализм энциклопедистов, и открыто порицает Церковь.
Парижский парламент приговорил «Эмиля» за религиозное вольнодумство и неприличия к сожжению, а его автора – к заключению. Руссо уехал в Женеву. Его нигде не задержали, но повсюду ему чудились пытка и костёр. Перейдя через швейцарскую границу, он бросился лобызать землю страны «справедливости и свободы». Женевское правительство, однако, сожгло и «Эмиля» и «Общественный договор».
Руссо нашёл убежище в княжестве Невшательском, принадлежавшем прусскому королю, и поселился в местечке Мотье. Вольтер, который ненавидел Руссо, издал анонимный памфлет, обвиняя его в намерении ниспровергнуть женевскую конституцию и христианство, и утверждая, будто он уморил свою тёщу. Мирные сельчане Мотье возмутились и решили его убить. Руссо бежал в Англию, где остановился у философа Дэвида Юма.
Нервная система Руссо была сильно расшатана, и на этом фоне его недоверчивость, щепетильное самолюбие, мнительность и пугливое воображение разрослись